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J-GLOBAL ID：201702291203482239   整理番号：17A0702201

系統的再構成とLeishmania donovani代謝ネットワークの制約ベース解析:潜在的な抗リーシュマニア薬標的の同定【Powered by NICT】

A systematic reconstruction and constraint-based analysis of Leishmania donovani metabolic network: identification of potential antileishmanial drug targets

著者 (5件)： Sharma Mahesh (Department of Pharmacoinformatics, National Institute of Pharmaceutical Education and Research (NIPER), Sector-67, S.A.S. Nagar, Punjab-160062, India. [e-mail] [e-mail]) ,  Shaikh Naeem ,  Yadav Shailendra ,  Singh Sushma ,  Garg Prabha
資料名： Molecular BioSystems  (Molecular BioSystems)
巻： 13  号： 5  ページ： 955-969  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2331A  ISSN： 1742-206X  CODEN： MBOIBW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 致死寄生虫症,内臓リーシュマニア症は,Leishmania donovani寄生原虫によって引き起こされる。有効ワクチン,薬剤毒性と寄生虫耐性の欠如は,新規薬物標的の同定を必要とする。ゲノムスケール代謝モデルとそのシミュレーションの再構成は,微生物の代謝のシステムレベルの理解のための重要なツールとして確立されている。本研究では,厳密なマニュアルキュレーションを用いた計算システム生物学のツールと技術を融合させた,Leishmania donovani BPK282A1のための制約に基づく代謝モデルを開発した。18以前に仮説したまたは誤って注釈付き遺伝子(モデルの反復精密化中に遭遇する)のための新しい機能的アノテーションを提案した。さらに,正確なバイオマス目的関数を定式化するために,以前に特性化されていないバイオマス成分の実験的決定を行った。開発したモデルは高度に区画化された代謝モデル,千百五十九の反応,1135種の代謝物と604の遺伝子を含む。モデルは遺伝子ノックアウト研究及び薬物阻害アッセイの実験的表現型の予測のための約76%の精度を示した。in silico遺伝子ノックアウト研究を用いて,ヒトの蛋白質への無視できる配列相同性を持つ28種類の遺伝子を同定した。さらに,代謝経路の機能的相互依存性を,70種の合成致死対を同定した。最後に,段階特異的代謝を描写するために,ヒトマクロファージに存在する無鞭毛期の遺伝子発現データをモデルに統合した。フラックス分布を比較することによって,実験結果と良く一致した代謝と環境条件における発生段階特異的な差を示した。開発したモデルは,レガシーデータの高度に濃縮した知識ベースと実験的に検証可能な仮説を生成するための重要なツールとして役立つことができる。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 表現型 ,  *Leishmania ,  キャラクタリゼーション ,  *再構成 ,  バイオマス ,  *代謝 ,  代謝経路 ,  代謝産物 ,  アノテーション ,  ヒト ,  モデル ,  遺伝子 ,  寄生虫 ,  タンパク質
準シソーラス用語： *Leishmania donovani , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (9件)： 系統 ,  再構成 ,  Leishmania ,  代謝ネットワーク ,  制約 ,  解析 ,  リーシュマニア ,  標的 ,  同定