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J-GLOBAL ID：201702291459458096   整理番号：17A0896245

エピゲノムの機能的分類の計算機アプローチ

A computational approach for the functional classification of the epigenome

著者 (3件)： GANDOLFI Francesco (Sapienza Univ. Rome) ,  TRAMONTANO Anna (Sapienza Univ. Rome) ,  TRAMONTANO Anna (Istituto Pasteur Italia - Fondazione Cenci Bolognetti)
資料名： Epigenetics & Chromatin (Web)  (Epigenetics & Chromatin (Web))
巻： 10  号： May  ページ： 10:26 (WEB ONLY)  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： U7028A  ISSN： 1756-8935  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:過去10年で先進的な機能ゲノミクスアプローチと深層シークエンシングによって,ヒストン修飾と他のゲノムマークの大規模マッピングが可能になり,クロマチン構成とゲノム機能の機能的関係に焦点が当てられた。本研究では新しいアプローチを提案し,異なるエピジェネティック修飾間の相互作用を探索し,クロマチンを有限数の機能に分類することに使える組合せプロファイルの抽出を試みた。この方法はもともと,高次元データを少数の意味のあるパターンに減らすための教師無し学習技術である非負値行列因子分解(NMF)に基づく。NMFアルゴリズムを多数のヒストン修飾のChIP-seq解析,Pol II結合,ヒトH1細胞でのクロマチンアクセシビリティ解析に適用した。結果:クロマチンの機能的情報と生物学的に解釈可能な多くのクロマチンプロファイルを同定した。またエピジェネティックプロファイルが特定のゲノムコンテクストで特徴付けられることを見出し,個々のゲノム特徴と強い関連性のあることを示した。さらにRNA-seqデータにより,個々のクロマチン署名が遺伝子発現レベルに相関することを見出した。結論:以上より,NMFが様々なエピゲノム修飾間の機能的関連の研究に使えること,及びクロマチンダイナミクスの解釈に新しい生物学的洞察を与える可能性を示した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *エピジェネティクス ,  相互作用 ,  クロマチン ,  化学修飾 ,  アルゴリズム ,  教師なし学習 ,  遺伝子発現 ,  解析
準シソーラス用語： エピゲノム ,  ヒストン修飾 ,  計算機解析

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： エピゲノム ,  分類 ,  計算機