ヒトMHC多型の精査:Poisson-Boltzmann静電気学とクラスタリングを用いたスーパータイプ解析【Powered by NICT】

Mumtaz Shahzad; Mumtaz Shahzad; Nabney Ian T.; Flower Darren R.

文献

J-GLOBAL ID：201702292328731910 整理番号：17A1971012

ヒトMHC多型の精査:Poisson-Boltzmann静電気学とクラスタリングを用いたスーパータイプ解析【Powered by NICT】

Scrutinizing human MHC polymorphism: Supertype analysis using Poisson-Boltzmann electrostatics and clustering

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資料名：
巻： 77 ページ： 130-136 発行年： 2017年
JST資料番号： B0044D ISSN： 1093-3263 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ペプチド結合MHC蛋白質はヒト集団で最も変数を考えられている観測された極端なMHC多型は機能的に重要であり,拘束された分岐進化に起因する。MHCsは免疫とホメオスタシスにおいて重要な機能を持つ細胞表面MHCクラスI分子はCD8~+T細胞,NKT細胞とNK細胞への細胞状態を報告し,病原体防御に重要な役割を果たすだけでなく,匂い認識,配偶者選択,薬物有害反応と移植拒絶反応を仲介する。MHCペプチド特異性は結合の共通性を示すいくつかのスーパータイプに陥る。は他のスーパータイプは他の機能に関連した存在すると考えられた。包括的実験的特性評価は非常に困難であるので,構造に基づくバイオインフォマティクスは実行可能な解決策である。相同性による機能的MHC蛋白質をモデル化し,多次元記述子としてのMHCの上面から投影された計算されたPoisson-Boltzmann静電気学を用いて,最先端の次元縮小技術とクラスタリングアルゴリズムを用いてそれらを分析した。の独立したクラスタとして三つのMHC遺伝子座を回収し,その中で明確なサブグループを同定し,データ表現とクラスタ化戦略の両方の選択を明確にvindicatingすることができた。は,このアプローチがMHC多型とその機能的結果の研究への大きな寄与と,拡張すれば他の急成長している構造システムを作ると期待される,G蛋白質共役受容体である。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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蛋白質・ペプチド一般 , 分子化合物

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