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J-GLOBAL ID：201702296989911632   整理番号：17A1163933

ddradseqtools:重切断のRADseq実験のin silicoシミュレーションと試験のためのソフトウェアパッケージ【Powered by NICT】

ddradseqtools: a software package for in silico simulation and testing of double-digest RADseq experiments

著者 (5件)： Mora-Marquez F. (Forest Genetics and Physiology Research Group, Technical University of Madrid (UPM), Ciudad Universitaria s/n, Madrid, Spain) ,  Garcia-Olivares V. (Island Ecology and Evolution Research Group, IPNA-CSIC, Tenerife, Canary Islands, Spain) ,  Emerson B. C. (Island Ecology and Evolution Research Group, IPNA-CSIC, Tenerife, Canary Islands, Spain) ,  Emerson B. C. (School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich Research Park, Norwich, NR4 7TJ, UK) ,  Lopez de Heredia U. (Forest Genetics and Physiology Research Group, Technical University of Madrid (UPM), Ciudad Universitaria s/n, Madrid, Spain)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 2  ページ： 230-246  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 二重消化のRADseq(ddRADseq)は制限酵素切断部位による標的遺伝子座の千からリードを生成し,複数の個人を横切ることをNGS方法論である。統計的根拠が確立した経済的に最適であるために,ddRADseq実験は酵素の選択に関連した問題,焦点となっている種のゲノムの特徴,ライブラリー構築プロトコルに可能な修正,欠落データを最小化するのに必要な被覆率,被覆率に影響する可能性がある誤差の潜在的発生源を考慮する必要があることを予備設計段階を持っている。ddradseqtools,(i)in silico二重消化フラグメントの生成によるddRADseq実験計画を支援するためのソフトウェアパッケージを提案した;(ii)1個または二個の指数と縮退塩基領域(DBR)のいずれかでアダプタを用いた改良ddRADseqライブラリーの構築はPCR複製を定量化するおよび(iii)読み取りのバイオインフォマティクス前処理の初期段階。ddradseqtoolsはSNPおよび/または挿入欠失を持っている可能性があることをシングルエンド(SE)またはペアエンド(PE)リードを生成する。対立遺伝子ドロップアウトとPCR複製被覆率に及ぼす影響についてもシミュレーションを行った。得られた出力ファイルは配列と変異体コーリングのパイプラインに,パラメータの微調整を可能にすることができる。ソフトウェアはプログラムの正しい操作性に特異的な試験で検証した。ddRADseq in vitro実験からin silico設定とパラメータ間の対応は,ソフトウェアの信頼性のある性能のためのガイドラインを提供するために評価した。ddradseqtoolsは実行時間の観点からコスト効率が良く,標準CPUとRAM構成を持つコンピュータ上で実行することができる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 消化 ,  ゲノム ,  *シミュレーション ,  対立遺伝子 ,  in vitro実験 ,  複製 ,  プロトコル ,  コンピュータ ,  実験計画法 ,  信頼性 ,  被覆率 ,  *プログラムパッケージ ,  *ソフトウェア
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  *in silico , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 対立遺伝子ドロップアウト ,  coverage ,  二重消化のRADseq ,  in silicoシミュレーション ,  PCR複製

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I) ,  パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (4件)： 実験 ,  シミュレーション ,  試験 ,  ソフトウェアパッケージ