特許
J-GLOBAL ID：201703010886262667
タンパク質の部分立体構造を予測する方法
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
特許業務法人三枝国際特許事務所
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2016-058220
公開番号（公開出願番号）：特開2017-174057
出願日： 2016年03月23日
公開日（公表日）： 2017年09月28日
要約：
【課題】十分な精度で、かつ簡易にタンパク質立体構造を予測することのできる方法を提供する。【解決手段】予測対象タンパク質に対して高いアミノ酸配列相同性を有する、少なくとも二種の既知タンパク質の立体構造を互いに重複部分が最大となるように重ね合わせることにより、それぞれの立体構造が重複する部分と重複しない部分とを、それぞれ複数ずつ決定し、重複する部分については、そのままその部分に相当する予測対象タンパク質の予測部分構造(核)として採用し、重複しない部分については、その部分に相当する予測対象タンパク質の部分構造を鋳型としてさらに部分的な構造予測を行うことにより予測部分構造(部品)を複数種抽出し、核と複数種の部品との組合せを、生体内温度でシミュレートすることにより、安定した構造群へと変換させることを利用してタンパク質立体構造を予測する。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
タンパク質の部分立体構造を予測する方法であって、以下の工程を含む方法:
(1)予測対象タンパク質に対して高いアミノ酸配列相同性を有する、少なくとも二種の既知タンパク質の立体構造を互いに重複部分が最大となるように重ね合わせることにより、それぞれの立体構造が重複する部分と重複しない部分とを、それぞれ一以上ずつ決定する工程;
(2)工程(1)で決定された、立体構造が重複する各部分を、予測対象タンパク質の第一次予測部分構造として決定する工程;
(3)工程(1)で決定された、立体構造が重複しない各部分のアミノ酸配列について、それぞれ高い相同性を有する、少なくとも一種の既知タンパク質のアミノ酸部分配列を決定し、該既知タンパク質の立体構造のうち、該アミノ酸部分配列に対応する部分構造のそれぞれを、予測対象タンパク質の当該部分についての第一次予測部分構造候補として決定する工程;
(4)工程(1)で決定された第一次予測部分構造と、工程(3)で決定された第一次予測部分構造候補のそれぞれを互いに組み合わせることにより、第一次予測全体構造候補をそれぞれ決定する工程;及び
(5)工程(4)で決定された第一次予測全体構造候補それぞれに対して分子動力学計算を行い、最も各候補間で共通して安定な構造となっている部分構造を抽出し、該部分構造を予測対象タンパク質の第二次予測部分構造として決定する工程。
IPC (1件)：
FI (1件)：
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