特許
J-GLOBAL ID：201703014402092970
系統樹を構築する装置、方法およびシステム
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
青稜特許業務法人
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2015-113297
公開番号（公開出願番号）：特開2016-224865
出願日： 2015年06月03日
公開日（公表日）： 2016年12月28日
要約：
【課題】本発明によれば、癌のサンプルで検出された多数の変異についての頻度データに基づき、系統樹を構築することができる。【解決手段】異なるゲノムをもつ複数のクローンが混在する複数のサンプルにおいて、各サンプルでの頻度が近い変異をグループ化し、各グループの変異の頻度を列挙したデータ(以下、変異グループ頻度データ)に基づく解析を行なう。変異グループ頻度の大小関係が全サンプルで一致する変異グループに対応するクローンに親子の関係があるとみなして、クローンを頂点、親子関係を枝とするグラフ構造を構築されるグラフ構造を構築し、このグラフにおいて、変異グループ頻度データと矛盾するクローンの親子関係を消去し、さらに、複数のサンプルにおける変異グループ頻度の相関係数を考慮して、各クローンの親となるクローンを選択する。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
グラフ構築手段と親子決定手段とを備え、
異なるゲノムをもつ複数のクローンが混在する複数のサンプルにおいて、各サンプルでの頻度が近い変異をグループ化し、各グループの変異の頻度を列挙したデータを変異グループ頻度データと呼ぶとき、
前記変異グループ頻度データを入力とし、
前記グラフ構築手段において、前記変異グループ頻度データに基づき、前記クローンを頂点、親子関係の候補を枝とするグラフ構造を親子グラフと呼ぶとき、該親子グラフを構築し、
前記親子決定手段において、複数の前記サンプルにおける前記変異グループ頻度の相関を表す相関係数を考慮して、前記各クローンの中で親となるクローンを選択し、前記複数のクローンの系統樹を作成する
ことを特徴とする系統樹作成装置。
IPC (1件)：
FI (1件)：
Fターム (3件)：
4B029AA27
, 4B029BB20
, 4B029FA15
出願人引用 (7件)
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審査官引用 (7件)
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