特許

J-GLOBAL ID：201703015355140810

トランスクリプトームを用いた、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法

発明者： 緒方 法親 ,  古崎 利紀 ,  岩淵 喜久男
出願人/特許権者： 緒方 法親
代理人 (1件)： 特許業務法人アイ・ピー・ウィン
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2017-026967
公開番号（公開出願番号）：特開2017-079800
出願日： 2017年02月16日
公開日（公表日）： 2017年05月18日
要約：

【課題】任意の実験区から得られたトランスクリプトームデータについて、DEG抽出やパスウェイ解析にかけるべき対象かどうかを客観的な基準で判断するための方法を提供すること。【解決手段】トランスクリプトームデータから得られる各遺伝子の発現量Pik及び下記式(I)又は(II)に基づいて算出されるHk又はSkの値を用いて、実験区を選定する。 (I):Sk = Σ(Pik-a) 但し、Pik<aの場合を除く ここで、aは、0.00001<a<0.1を満たす定数 (II):Hk = -Σ(Pik・logPik) 但し、Pik=0の場合を除く【選択図】図2

請求項（抜粋）：

発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法であって、 (1)各実験区及びコントロール区に対応するトランスクリプトームデータから各遺伝子の発現頻度Pikを算出する工程と、 (2)下記式(II)に基づいて各実験区及びコントロール区に対応するHkの値を算出する工程と、 (II):Hk = -Σ(Pik・logPik) 但し、Pik=0の場合を除く (3)前記Hkの値に従って、後続の発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区を選定する工程と、 を備え、 各実験区における同一実験区のデータセット数nが、いずれも3以上であり、 前記(3)の工程おいては、前記Hkの値についてt検定を行い、前記t検定におけるp値が0.05以上となる実験区及びコントロール区の組合せを、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける対象として選定することを特徴とする実験区の選定方法。

IPC (2件)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/68

FI (2件)：

C12N15/00 A ,  C12Q1/68 A

Fターム (9件)：

4B063QA20 ,  4B063QQ05 ,  4B063QQ53 ,  4B063QR36 ,  4B063QR55 ,  4B063QR74 ,  4B063QS34 ,  4B063QS39 ,  4B063QX01

引用文献：

審査官引用 (2件)

• BMC Bioinformatics, 2006年, Vol.7, No.294, p.1-9
• Clin. Lab. Med., 2008年, Vol.28, No.1, p.127-143