研究者
J-GLOBAL ID:201801002827589633   更新日: 2024年03月14日

小井土 大

コイド マサル | Koido Masaru
所属機関・部署:
職名: 助教
その他の所属(所属・部署名・職名) (1件):
  • 理化学研究所 生命医科学研究センター ゲノム解析応用研究チーム  客員研究員
研究分野 (3件): ゲノム生物学 ,  遺伝学 ,  細胞生物学
研究キーワード (4件): ゲノミクス ,  分子細胞生物学 ,  機械学習 ,  遺伝統計学
競争的資金等の研究課題 (6件):
  • 2023 - 2026 DNA配列機械学習モデルの予測根拠に基づく非翻訳RNAの発現特異性の解明
  • 2022 - 2025 雌雄配偶子形成における核輸送分子の新機能探索と不妊症発症機序解明
  • 2020 - 2024 エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析
  • 2020 - 2023 多因子疾患のエピスタシス効果を同定するためのゲノム配列の深層学習戦略
  • 2016 - 2018 DNA損傷応答を誘導するmiRNA阻害剤を用いた新規分子標的治療法の開発
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論文 (38件):
  • Mingyang Shi, Chizu Tanikawa, Hans Markus Munter, Masato Akiyama, Satoshi Koyama, Kohei Tomizuka, Koichi Matsuda, Gregory Mark Lathrop, Chikashi Terao, Masaru Koido, et al. Genotype imputation accuracy and the quality metrics of the minor ancestry in multi-ancestry reference panels. Briefings in Bioinformatics. 2024
  • Yunye He, Masaru Koido, Yoichi Sutoh, Mingyang Shi, Yayoi Otsuka-Yamasaki, Hans Markus Munter, Yoishinori Murakami, Takayuki Morisaki, Akiko Nagai, Yoshinori Murakami, et al. East Asian-specific and cross-ancestry genome-wide meta-analyses provide mechanistic insights into peptic ulcer disease. Nature Genetics. 2023
  • Masaru Koido. Polygenic modelling and machine learning approaches in pharmacogenomics: importance in downstream analysis of genome-wide association study data. British journal of clinical pharmacology. 2023
  • Nao Otomo, Anas M. Khanshour, Masaru Koido, Kazuki Takeda, Yukihide Momozawa, Michiaki Kubo, Yoichiro Kamatani, John A. Herring, Yoji Ogura, Yohei Takahashi, et al. Evidence of causality of low body mass index on risk of adolescent idiopathic scoliosis: a Mendelian randomization study. Frontiers in Endocrinology. 2023. 14
  • Masahiro Nakajima, Masaru Koido, Long Guo, Chikashi Terao, Shiro Ikegawa. A novel CCDC91 isoform associated with ossification of the posterior longitudinal ligament of the spine works as a non-coding RNA to regulate osteogenic genes. The American Journal of Human Genetics. 2023
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MISC (16件):
  • Martin Dichgans, Rainer Malik, Nathalie Beaufort, Koki Tanaka, Marios Georgakis, Yunye He, Masaru Koido, Chikashi Terao, Christopher Anderson, Yoichiro Kamatani. Genetically proxied HTRA1 protease activity and circulating levels independently predict risk of ischemic stroke and coronary artery disease. Research Square. 2023
  • Mingyang Shi, Chizu Tanikawa, Hans Markus Munter, Masato Akiyama, Satoshi Koyama, Kohei Tomizuka, Koichi Matsuda, Gregory Mark Lathrop, Chikashi Terao, Masaru Koido, et al. Genotype imputation accuracy and the quality metrics of the minor ancestry in multi-ancestry reference panels. bioRxiv. 2023
  • Yunye He, Masaru Koido, Yuka Shimmori, Yoichiro Kamatani. GWASLab: a Python package for processing and visualizing GWAS summary statistics. 2023
  • 竹内耀平, HE Yunye, 小井土大, LIU Xin, 糸川直樹, 森崎隆幸, 松田浩一, 鎌谷洋一郎. 日本人ゲノムワイド関連解析による血中代謝物量への遺伝的効果の解明. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
  • Yunye He, Masaru Koido, Yoichi Sutoh, Mingyang Shi, Yayoi Otsuka-Yamasaki, Hans Markus Munter, Takayuki Morisaki, Akiko Nagai, Yoshinori Murakami, Chizu Tanikawa, et al. East Asian-specific and cross-ancestry genome-wide meta-analyses provide mechanistic insights into peptic ulcer disease. medRxiv. 2022
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書籍 (9件):
  • 薬剤性肝障害の遺伝要因のメカニズム解明:ポリジェニックリスクスコアの実験的活用
    2023
  • クローズアップ実験法 | MENTR:DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法
    2023
  • 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
    2022
  • Statistical Genetics<遺伝統計学の基礎> (13)連鎖不平衡スコア回帰とその拡張手法
    2022
  • Statistical Genetics<遺伝統計学の基礎>(12)全ゲノム回帰モデルを用いた量的形質と質的形質に対する全ゲノム関連解析
    2022
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講演・口頭発表等 (40件):
  • How can we interpret the results of human genetic association studies?
    (CRH Symposium (Cellular & Molecular Basis of Reproductive Health), Hudson Institute of Medical Research 2023)
  • ”木”を使った予測のための機械学習
    (日本網膜硝子体学会DSDPワークショップ 2023)
  • Statistical genetics- and machine learning-based approaches to better understand drug safety
    (Pharmacogenomics in 2023: Big Studies, Big Results, Big Implications, Big Responsibilities, 19th World Congress of Basic & Clinical Pharmacology 2023 2023)
  • 日本人ゲノムワイド関連解析による血中代謝物量への遺伝的効果の解明
    (日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2023)
  • 健診情報とゲノム情報の統合による疾患予防システムの構築
    (人間ドック 2023)
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学歴 (2件):
  • 2011 - 2013 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻
  • 2007 - 2011 東京大学 工学部 マテリアル工学科
学位 (1件):
  • 博士(医科学) (授与機関東京大学)
経歴 (5件):
  • 2022/04 - 現在 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 助教
  • 2019/12 - 2022/03 東京大学医科学研究所 人癌病因遺伝子分野 特任助教
  • 2018/06 - 2019/12 理化学研究所 生命医科学研究センター 特別研究員
  • 2016/04 - 2018/05 横浜市立大学大学院 医学研究科 特任助手
  • 2013/04 - 2016/03 株式会社浜銀総合研究所 情報戦略コンサルティング部 研究員
受賞 (1件):
  • 2024/03 - 理化学研究所 理研桜舞賞 機械学習によるゲノム配列からの非コードRNAの細胞特異的転写予測
所属学会 (5件):
日本人類遺伝学会 ,  International Stroke Genetics Consortium ,  米国人類遺伝学会 ,  日本がん分子標的治療学会 ,  日本癌学会
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