杉田有治

スギタユウジ | Sugita Yuji

所属機関・部署：
職名：主任研究員
その他の所属（所属・部署名・職名） (2件)：

ホームページURL (1件)： http://www.riken.jp/TMS2012/tms/ja/index.html

研究分野 (3件)：基礎物理化学 , 計算科学 , 生物物理学

研究キーワード (4件)：イオンポンプ , 細胞内分子ダイナミクス , 効率の良い構造探索手法 , 分子動力学シミュレーション

競争的資金等の研究課題 (24件)：

2015 - 2019 動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

2014 - 2019 動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-

2014 - 2019 マルチレゾリューション法を用いたタンパク質複合体の高解像度動的解析

2014 - 2019 一酸化窒素の生体内動態の分子科学

2013 - 2017 体積変化の計算化学が解明する高圧生体分子反応

2013 - 2017 分岐型糖鎖における分枝構造の非対称性の解析とその構造基盤

2013 - 2016 糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデータベース開発

2013 - 2014 タンパク質・糖鎖の低親和性複合体構造の予測

2012 - 2014 タンパク質複合体形成の分子機構と自由エネルギー解析

2011 - 2012 膜タンパク質-脂質二重膜複合体の構造モデリング法の開発

2010 - 2011 タンパク質複合体形成のダイナミクスと分子認識機構の解明

2003 - 2008 分子シミュレーションによる膜タンパク質の構造変化と物質輸送機構の解明

2002 - 2006 P型イオンポンプによる能動輪送機構の構造的解明

2003 - 2004 巨大膜蛋白質・脂質二重膜複合体の高精度分子動力学計算システムの開発

2002 - 2002 拡張アンサンブル法に基づく蛋白質フォールディング機構解析法の確立

2001 - 2002 アミノ酸変異による蛋白質の機能と安定性変化の物理化学的解明

2001 - 2001 新拡張アンサンブル法による蛋白質フォールディング機構の自由エネルギー解析

2000 - 2000 レプリカ交換法による蛋白質立体構造予測法の開発

1999 - 1999 新しい高精度のモデル内殻ポテンシャルの開発とそれらの応用

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論文 (273件)：

Ryo Nishihara, Hisham M. Dokainish, Yoshiki Kihara, Hiroki Ashiba, Yuji Sugita, Ryoji Kurita. Pseudo-Luciferase Activity of the SARS-CoV-2 Spike Protein for Cypridina Luciferin. ACS Central Science. 2024
Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita. Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer. Journal of Computational Chemistry. 2023
Cheng Tan, Ai Niitsu, Yuji Sugita. Highly Charged Proteins and Their Repulsive Interactions Antagonize Biomolecular Condensation. JACS Au. 2023. 3. 3. 834-848
Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita. Allosteric regulation of beta-reaction stage I in tryptophan synthase upon the alpha-ligand binding. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 2023. 158. 11
Hiroki Otaki, Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii, Yuji Sugita, Kiyoshi Yagi. Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins. ChemRxiv. 2023. 10.26434/chemrxiv-2023-qn9rc

MISC (93件)：

小林千草, 松永康佑, Jaewoon Jung, 杉田有治. 筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析. 生物物理. 2022. 62. 5. 298-300
Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yuji Sugita. Unraveling SARS-CoV-2 spike protein activation pathway reveals unprecedented cryptic pockets. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2022. 121. 3. 457A-457A
尾嶋拓, 李秀栄, 新津藍, 杉田有治. 分子動力学ソフトウェアGENESISを用いたタンパク質-リガンド結合の自由エネルギー計算 (小特集生体系の分子シミュレーション). シミュレーション = Journal of the Japan Society for Simulation Technology. 2021. 40. 1. 22-28
森貴治, 的場一晃, 野田展生, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治. オートファゴソーム形成に関与する膜タンパク質Atg9の膜中配向予測. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2020. 34th (CD-ROM)
Yuji Sugita, Kento Kasahara, Hiraku Oshima, Isseki Yu, Grzegorz Nawrocki, Suyong Re, Michael Feig. Simulations of biomolecules in cellular crowded environments. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. 2019. 37. 51-52

書籍 (1件)：

学歴 (2件)：

学位 (1件)：

経歴 (5件)：

所属学会 (6件)：

米国生物物理学会 , 米国化学会 , 日本蛋白質科学会 , 日本物理学会 , 分子シミュレーション研究会 , 日本生物物理学会

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杉田 有治