古明地勇人

コメイジユウト | Yuto Komeiji

所属機関・部署：
職名：キャリアエキスパート
その他の所属（所属・部署名・職名） (3件)：

ホームページURL (1件)： https://staff.aist.go.jp/y-komeiji

研究分野 (3件)：ソフトウェア , 生物分子化学 , 計算科学

研究キーワード (9件)：水和 , 核酸 , タンパク質 , 量子化学計算 , 生物物理 , FMO-MD , フラグメント分子軌道法 , 分子動力学法 , 分子シミュレーション

競争的資金等の研究課題 (4件)：

論文 (77件)：

Yuma Handa, Koji Okuwaki, Yusuke Kawashima, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka, Takayuki Furuishi, Etsuo Yonemochi, Teruki Honma, et al. Prediction of Binding Pose and Affinity of Nelfinavir, a SARS-CoV-2 Main Protease Repositioned Drug, by Combining Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations. The Journal of Physical Chemistry B. 2024
Tatsuya NAKANO, Yoshio OKIYAMA, Katsunori SEGAWA, Yoshiro SAITO, Yuji MOCHIZUKI, Yuto KOMEIJI. Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital-based Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulation. Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition. 2024. 10. n/a-n/a
Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji. Thermal and Quantum Fluctuations of Harmonic Oscillator. JOURNAL OF PHYSICS AND CHEMISTRY RESEARCH. 2022. 4. 3. 1-2
Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka. Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method. Applied Physics Express. 2022. 15. 1. 017001-017001
Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Shun Kitahara, YusukeF Tachino, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka. Fragment molecular orbital based interaction analyses on complexes between SARS-CoV-2 RBD variants and ACE2. JAPANESE JOURNAL OF APPLIED PHYSICS. 2021. 60. 9

MISC (3件)：

丸山正, 嶋根康弘, 岩沢美佐子, 秦田勇二, 吉田尊雄, 高木善弘, 大石和恵, 田中成典, 渡邉博文, 徐逢祺, et al. フラグメント分子軌道法の生物間相互作用解析 : ウイルスの受容体への結合特異性解析への応用. Annual report of the earth simulator. 2016. 251-257
T. Maruyama, Y. Shimane, K. Ohishi, M. Iwasawa, Y. Hatada, Y. Takaki, T. Yoshida, 田中成典, S. Anzaki, Y. Komeiji, et al. Analysis of Global Ecosystem Ecology by Fragment Molecular Orbital (FMO) Method: Analyses of the Interactions between Virus Hamagglutinins and Their Receptors. Annual Report of the Earth Simulator Center. 2015. April 2014 - March 2015. 131-135
古明地勇人, 中野達也, 望月祐志. FMO-MD法 : フラグメント分子軌道法による分子のダイナミクスシミュレーション. シミュレーション. 2010. 29. 1. 2-9

書籍 (9件)：

分子動力学法の基礎
CBI学会出版 2023 ISBN:9784910628066
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method (Y. Mochizuki et al., eds)
Springer 2021
Quantum Mechanics in Drug Discovery (A Heifetz, ed.)
Humana Press, New York, NY. 2020
Molecular Dynamics - Theoretical Developments and Applications in Nanotechnology and Energy
InTech 2012
レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端 -ナノ・有機・メタラジーが広げるリサイクル技術-
フロンティア出版 2011

学歴 (2件)：

学位 (1件)：

経歴 (8件)：

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所属学会 (5件)：

極限環境生物学会 , 日本武道学会弓道分科会 , CBI(シービーアイ)学会 , 分子シミュレーション研究会 , Biophysical society

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