研究者
J-GLOBAL ID:201801011049512333   更新日: 2024年02月01日

芝井 厚

シバイ アツシ | Shibai Atsushi
所属機関・部署:
職名: 基礎科学特別研究員
研究分野 (1件): システムゲノム科学
競争的資金等の研究課題 (5件):
  • 2021 - 2024 N種細菌の自動共培養系の開発
  • 2020 - 2022 自動培養装置と機械学習による細胞状態のフィードバック制御系の開発
  • 2019 - 2021 細菌進化の最適変異率の理論予測と実験検証
  • 2019 - 2021 Evolvability screening of petroleum/plastic degrading bacteria
  • 2017 - 2019 高変異率実験進化による進化工学的な微生物ゲノム縮小手法の開発
論文 (17件):
  • Junichiro Iwasawa, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Hazuki Kotani, Masako Kawada, Chikara Furusawa. Analysis of the evolution of resistance to multiple antibiotics enables prediction of the Escherichia coli phenotype-based fitness landscape. PLoS biology. 2022. 20. 12. e3001920
  • Yutaro Maeda, Ryo Mizuuchi, Shuji Shigenobu, Atsushi Shibai, Hazuki Kotani, Chikara Furusawa, Norikazu Ichihashi. Experimental evidence for the correlation between RNA structural fluctuations and the frequency of beneficial mutations. RNA (New York, N.Y.). 2022
  • Atsushi Shibai, Hazuki Kotani, Masako Kawada, Naomi Yokoi, Chikara Furusawa. Development of a device that generates a temperature gradient in a microtiter plate for microbial culture. SLAS Technology. 2022
  • Atsushi Shibai, Hazuki Kotani, Natsue Sakata, Chikara Furusawa, Saburo Tsuru, D Baltrus. Purifying selection enduringly acts on the sequence evolution of highly expressed proteins in Escherichia coli. G3 Genes|Genomes|Genetics. 2022
  • Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. Acceleration of target production in co-culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution. Biotechnology and Bioengineering. 2021
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MISC (52件):
  • 芝井厚, 古澤力. ロボット駆動の大規模自動実験による細菌進化の予測と制御. 化学工学会第54回秋季大会. 2023
  • 清水浩, 戸谷吉博, 古澤力, 芝井厚, 堀之内貴明, 鈴木宏明, 徳山健斗, 二井手哲平. モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製. 化学工学会第54会秋季大会. 2023
  • 戸谷吉博, 三吉健太, 川本優一, 芝井厚, 古澤力, 清水浩. モデルベース指向性進化による中枢代謝の各経路における律速の解放. 化学工学会第88年会. 2023
  • 芝井厚. 実験室での細菌進化を速くしたり制御したりする. 第14回生命情報科学若手の会・研究会. 2022
  • 芝井厚, 古澤力. 細菌の複数薬剤耐性実験進化をラボオートメーションでフィードバック制御する. 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会. 2022
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学歴 (3件):
  • 2013 - 2018 大阪大学大学院 情報科学研究科
  • 2011 - 2013 国立奈良工業高等専門学校 専攻科機械制御工学専攻
  • 2006 - 2011 国立奈良工業高等専門学校 電子制御工学科
学位 (1件):
  • 博士(情報科学) (大阪大学)
経歴 (3件):
  • 2023/04 - 現在 特定国立研究開発法人理化学研究所 基礎科学特別研究員
  • 2018/04 - 2023/03 特定国立研究開発法人理化学研究所 研究員
  • 2017/04 - 2018/03 日本学術振興会 特別研究員(DC2)
受賞 (2件):
  • 2019 - 生命情報科学若手の会 優秀発表賞
  • 2012 - 電気学会 優秀論文発表賞
所属学会 (6件):
「細胞を創る」研究会 ,  日本ゲノム微生物学会 ,  日本進化学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本分子生物学会
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