- 2022 - 2025 真核生物における嫌気的ATP合成経路の多様性と進化
- 2019 - 2023 フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラの機能進化の解明
- 2019 - 2022 サンゴ-褐虫藻共生成立・不成立に関わる遺伝子発現ネットワーク情報の構築
- 2015 - 2018 新型分割イントロンのスプライシング機構と進化多様性の解明
- 2015 - 2018 嫌気環境に生育する真核微生物の多様性の解明
- 2014 - 2017 赤痢アメーバのプロテアーゼ分泌の分子機構の解明
- 2013 - 2016 アフリカに生息するサルを宿主とするマラリア原虫P. gonderiのゲノム解析
- 2011 - 2016 マトリョーシカ型進化原理(総括班)
- 2011 - 2016 ミトコンドリアの進化の多様性
- 2011 - 2015 新型分割イントロンの切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明
- 2011 - 2014 ミトコンドリアをもたない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明
- 2009 - 2012 藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築
- 2008 - 2012 大河の時間変動と熱水生態系の進化
- 2008 - 2010 フォルニケータ生物群の分子系統進化
- 2005 - 2008 エクスカベート類の微細構造・分子形質比較解析による初期真核生物像の探究
- 2006 - 2007 現生マラリア原虫集団における抗原多型の分子進化
- 2005 - 2006 複数遺伝子の配列情報に基づく真核生物の初期進化の解明
- 2001 - 2002 アピコンプレックス類における色素体様オルガネラの起源と進化
- 2000 - 2002 分子系統学のためのソフトウェアの開発
- 1999 - 2000 脊椎動物ミトコンドリアDNAの進化機構
- 1999 - 2000 哺乳類の分子進化
- 1998 - 2000 翻訳関連分子種の一次構造解析に基づく微胞子虫類の系統進化学的位置づけ
- 1999 - 1999 分子進化学的解析に基づく抗マラリア薬剤の標的分子探索
- 1999 - 1999 真核細胞におけるシャペロン関連分子種の多様化と進化
- 1998 - 1999 ミトコンドリアをもたない真核生物の系統進化
- 1998 - 1999 哺乳類進化の分子系統学的解析
- 1998 - 1998 分子進化学的解析に基づく抗マラリア薬剤の標的分子探索
- 1998 - 1998 真核細胞におけるシャペロン関連分子種の多様化と進化
- 1997 - 1998 原生生物の系統と進化
- 1997 - 1998 脊椎動物ミトコンドリアDNAの系統進化
- 1996 - 1998 ハウスキーピング遺伝子全アミノ酸配列データのアライメント
- 1997 - 1997 真核細胞におけるシャペロニン関連分子種の多様化と進化
- 1996 - 1996 原生生物の系統と進化
- 1996 - 1996 最尤系統樹探索法の研究
- 1995 - 1996 リボソーム蛋白種の集大成に基づく真核細胞構築過程の蛋白進化学的解析
- 1995 - 1995 原生生物の系統と進化
- 1993 - 1995 遺伝子構造データ解析のためのソフトウェアの開発
- 1994 - 1994 原生生物の系統と進化
- 1993 - 1993 ミトコンドリアをもたない真核生物の分子系統学的位置づけと真核生物の初期進化
- 1993 - 1993 リボソーム蛋白質構造データの分子進化学的解析
- 1991 - 1992 古細菌の進化的位置と真核生物の起源
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