- 2023 - 2026 希少海産魚アカメの局所個体群は孤立化していないか-「現在」の移住率を血縁から探る
- 2021 - 2025 環境DNAを用いた魚類多種同時遺伝的多型分析法の開発と淡水魚類メタ群集研究の実践
- 2020 - 2024 景観構造が創発する生活史多様性とそれがもたらす集団動態の安定化機構の解明
- 2020 - 2023 淡水魚類の保全ゲノミクス:自然史と危機診断を結ぶ枠組みの構築
- 2020 - 2023 アカメは“いま”何個体いるのか?-マルチコホートCKMR法による個体数推定
- 2020 - 2023 リュウキュウアユのゲノミクスで探る絶滅危惧魚類の存続に不可欠な遺伝的特性
- 2019 - 2021 宿主操作の分子・神経メカニズムから解き明かす生態系のエネルギー流
- 2017 - 2020 遺伝的多様性は種の存続のために必要か?-長生きのヘビースモーカーのゲノム分析
- 2017 - 2020 古代湖・琵琶湖における湖沼適応の起源と集団ゲノミクス
- 2017 - 2020 集団ゲノミクスによる海洋島環境における浅海性魚類アカハタの集団構造形成史の解明
- 2016 - 2019 河川工作物が底生魚類の個体群・群集に及ぼす生態的影響の多面的評価手法の確立
- 2016 - 2019 脊椎動物の陸上進出を促した精子・生殖様式の多様化機構の解明:カジカ魚類の比較から
- 2016 - 2019 遺伝性・季節変動性を示す消化管の長さを規定するDNA変異及びメチル化領域の探索
- 2015 - 2018 危機的状況にあるリュウキュウアユの存続に向けたメタ個体群構造の解明
- 2014 - 2017 温帯古代湖・琵琶湖の魚類群集における湖沼適応の実態と遺伝基盤の解明
- 2014 - 2017 暖流系生物の分布拡大で変遷する寒流域生物群集-漂着・繁殖あるいはゲノムパラサイト
- 2014 - 2017 更新世の氷期-間氷期サイクルが南シナ海沿岸魚類の多様性形成過程に与えた影響の解明
- 2013 - 2016 カジカ等の生態的移動弱者の生物多様性に配慮した河川管理方策の提案
- 2011 - 2014 次世代大量ミトゲノム解析による魚類多様性研究の新展開:サンガー法から超並列法へ
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