研究者
J-GLOBAL ID：201801021113859771   更新日: 2024年11月05日

尾嶋 拓

オシマ ヒラク | Oshima Hiraku
所属機関・部署：
兵庫県立大学 大学院理学研究科 情報理学研究室

兵庫県立大学 大学院理学研究科 情報理学研究室 について


職名： 准教授
研究分野 (3件)： 栄養学、健康科学 ,  生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 ,  生物物理学
研究キーワード (6件)： 分子動力学シミュレーション ,  創薬 ,  タンパク質 ,  液体論 ,  複雑ネットワーク ,  生物物理
競争的資金等の研究課題 (3件)：
  • 2024 - 2026 深層生成モデルとFEP法を用いた創薬応用基盤の構築
  • 2020 - 2023 データ同化と拡張アンサンブル法を用いた生体分子の長時間ダイナミクスの予測
  • 2013 - 2016 生体系における自己組織化・秩序化過程の統一的解明-水を主役として-
論文 (40件)：
  • Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre, et al. GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models. The Journal of Physical Chemistry B. 2024
  • Yasuhiro Matsunaga, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Jaewoon Jung, Shingo Ito, Yuji Sugita. Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation. Biophysical Reviews. 2022. 14. 1503-1512
  • Daiki Matsubara, Kento Kasahara, Hisham M. Dokainish, Hiraku Oshima, Yuji Sugita. Modified Protein-Water Interactions in CHARMM36m for Thermodynamics and Kinetics of Proteins in Dilute and Crowded Solutions. MOLECULES. 2022. 27. 17. 5726
  • Hiraku Oshima, Yuji Sugita. Modified Hamiltonian in FEP Calculations for Reducing the Computational Cost of Electrostatic Interactions. Journal of Chemical Information and Modeling. 2022
  • Kento Kasahara, Suyong Re, Grzegorz Nawrocki, Hiraku Oshima, Chiemi Mishima-Tsumagari, Yukako Miyata-Yabuki, Mutsuko Kukimoto-Niino, Isseki Yu, Mikako Shirouzu, Michael Feig, et al. Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution. Nature Communications. 2021. 12. 1. 4099
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MISC (4件)：
  • 尾嶋 拓. GaREUS 法を用いた自由エネルギー地形の計算. 蛋白質科学会アーカイブ. 2021. 14. e105
  • 尾嶋 拓, 李 秀栄, 新津 藍, 杉田 有治. 分子動力学ソフトウェアGENESISを用いたタンパク質-リガンド結合の自由エネルギー計算. シミュレーション. 2021. 40. 22-28
  • Yuji Sugita, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Suyong Re. Replica-Exchange Methods for Biomolecular Simulations. Methods in Molecular Biology. 2019. 155-177
  • Hiraku Oshima, Takashi Odagaki. Effects of network structure on associative memory. Modelling Perception with Artificial Neural Networks. 2011. 134-148
講演・口頭発表等 (5件)：
  • Developments and applications of generalized-ensemble methods for free-energy analysis of protein-ligand binding
    (第20回日本蛋白質科学会年 2020)
  • Free-energy analysis of protein-ligand binding pose using generalized ensemble methods
    (第57回日本生物物理学会年会 2019)
  • リガンド・蛋白質構造変化を考慮した自由エネルギー計算法の開発と応用
    (近畿化学協会コンピュータ化学部会 公開講演会(第101回例会) 2018)
  • 蛋白質構造変化を考慮したリガンド結合自由エネルギー計算法の開発
    (CBI 2017年大会 2017)
  • タンパク質の熱安定性への糖の影響
    (日本物理学会第69回年次大会 2014)
学歴 (2件)：
  • 2004 - 2009 九州大学大学院 理学府 凝縮系科学専攻
  • 2000 - 2004 九州大学 理学部 物理学科
学位 (1件)：
  • 博士(理学) (九州大学)
経歴 (10件)：
  • 2023/04 - 現在 兵庫県立大学大学院理学研究科 情報理学研究室 准教授
  • 2021/04 - 2023/03 兵庫県立大学大学院情報科学研究科 鷲津仁志研究室 理研クロスアポイントメント准教授
  • 2019/10 - 2023/03 神戸大学大学院 システム情報学研究科 非常勤講師
  • 2018/04 - 2023/03 理化学研究所 計算科学研究センター 特別研究員
  • 2018/04 - 2023/03 理化学研究所 生命機能科学研究センター 研究員
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受賞 (1件)：
  • 2020/07 - 日本蛋白質科学会 第20回日本蛋白質科学会年会 若手奨励賞優秀賞 Developments and applications of generalized-ensemble methods for free-energy analysis of protein-ligand binding
所属学会 (3件)：
日本蛋白質科学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本物理学会
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