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J-GLOBAL ID：201802210535441758   整理番号：18A0434172

大腸菌とSynechocystisの代謝ネットワークに統合したコンピュータ経路の熱力学的解析は対照的な拡張可能性を明らかにする【Powered by NICT】

Thermodynamic analysis of computed pathways integrated into the metabolic networks of E. coli and Synechocystis reveals contrasting expansion potential

著者 (3件)： Asplund-Samuelsson Johannes (Science for Life Laboratory, School of Biotechnology, KTH Royal Institute of Technology, P-Box 1031, 171 21 Solna, Sweden) ,  Janasch Markus (Science for Life Laboratory, School of Biotechnology, KTH Royal Institute of Technology, P-Box 1031, 171 21 Solna, Sweden) ,  Hudson Elton P. (Science for Life Laboratory, School of Biotechnology, KTH Royal Institute of Technology, P-Box 1031, 171 21 Solna, Sweden)
資料名： Metabolic Engineering  (Metabolic Engineering)
巻： 45  ページ： 223-236  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1646A  ISSN： 1096-7176  CODEN： MEENFM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体への生合成経路は依存と内因性生化学に挑戦である。ここでは,新しいワークフローPOPPY(PYthonと探査最適経路)を用いて従属栄養E.coliと光合成独立栄養生物Synechocystisにおける代謝ネットワークの拡大可能性を比較した。最初に,大腸菌及びSynechocystisメタボロミクスとfluxomicデータは,代謝モデルと組み合わせた代謝産物濃度(NET解析)に対する熱力学的制約を同定した。千自動構築経路の各ネットワーク中に置き,最大-最小駆動力分析(NEM)のネットワーク埋め込み変異体に供した。ネットワークはある種の化合物に対する熱力学的駆動力を付与するための異なる能力を持つことを見出した。鍵代謝産物は解糖と炭素固定,分岐トリ-カルボン酸酸サイクル,光呼吸において相反する磁束方向によるSynechocystisで異なって制約した。さらに,Synechocystisにおけるリジン生合成経路は熱力学的拘束として同定され,低2 オキソグルタラートレベルを介して内因性及び異種両反応に影響した。著者らの研究は,既存のメタボロミクスデータに重要なまだ十分覆われた地域を同定し,Synechocystis以降の次世代熱力学ベース工学のための基準を提供した。POPPY方法論は,最適経路宿主適合,宿主生物の実用範囲である多様化も重要になると思われるをステップを示した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： モデリング ,  炭酸同化 ,  *代謝 ,  解糖 ,  従属栄養 ,  生化学 ,  代謝産物 ,  独立栄養 ,  *ネットワーク ,  *熱力学 ,  *コンピュータ ,  *Synechocystis ,  *大腸菌
準シソーラス用語： メタボロミクス ,  生合成経路 ,  *代謝ネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ネットワーク埋込熱力学的解析 ,  最大-最小駆動力解析 ,  経路熱力学 ,  経路計数 ,  E.coli ,  Synechocystis

分類 (1件)： 代謝と栄養  (EG03054K)

タイトルに関連する用語 (10件)： 大腸菌 ,  Synechocystis ,  代謝ネットワーク ,  統合 ,  コンピュータ ,  経路 ,  力学的解析 ,  対照 ,  拡張 ,  可能性