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J-GLOBAL ID：201802211173126373   整理番号：18A1591839

テルル:システムと合成生物学のための拡張可能なpythonベースのモデリング環境【JST・京大機械翻訳】

Tellurium: An extensible python-based modeling environment for systems and synthetic biology

著者 (7件)： Choi Kiri (Department of Bioengineering, University of Washington, William H. Foege Building, Box 355061, Seattle, WA 98195, USA) ,  Medley J. Kyle (Department of Bioengineering, University of Washington, William H. Foege Building, Box 355061, Seattle, WA 98195, USA) ,  Konig Matthias (Institute for Biology, Institute for Theoretical Biology, Humboldt University, Berlin, Germany) ,  Stocking Kaylene (Department of Bioengineering, University of Washington, William H. Foege Building, Box 355061, Seattle, WA 98195, USA) ,  Smith Lucian (Department of Bioengineering, University of Washington, William H. Foege Building, Box 355061, Seattle, WA 98195, USA) ,  Gu Stanley (Department of Bioengineering, University of Washington, William H. Foege Building, Box 355061, Seattle, WA 98195, USA) ,  Sauro Herbert M. (Department of Bioengineering, University of Washington, William H. Foege Building, Box 355061, Seattle, WA 98195, USA)
資料名： BioSystems  (BioSystems)
巻： 171  ページ： 74-79  発行年： 2018年 
JST資料番号： D0286B  ISSN： 0303-2647  CODEN： BSYMBO  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ここでは,システムと合成生物学におけるモデルの再現性を容易にするモデル構築,シミュレーション,および解析のためのPythonベース環境であるTelluriumを提示する。テルルは,複数のライブラリ,プラグイン,および特殊化されたモジュールと方法で構成されたモジュール,クロスプラットフォーム,およびオープンソースシミュレーション環境である。テルルは完全に構成されたPython分布による自己含有モデリングプラットフォームである。2つのインタフェイスを提供した。1つは,MATLABに対してアクセス可能なユーザインタフェイスを持ち,2番目は,ライブコード,方程式,可視化,および物語テキストを含むフォーマットである,Jupyter Noteブックに基づくものである。テルルは,決定論的シミュレーション,確率論的シミュレーション,および定常状態解析をサポートするデフォルトSBMLシミュレーションエンジンとしてリブロドランナーを使用する。また,テルルは,SBMLに変換されることができる人間の読みやすいモデル定義言語であるAntimonyを含んでいる。他の標準Python科学図書館,例えばNumPy,Scipy,およびMatplllibはデフォルトによって含まれている。さらに,著者らは,分岐解析のための複雑なアルゴリズムから多次元パラメータ走査までの範囲の広い応用のために,いくつかのユーザに優しいプラグインと先進モジュールを含んでいる。複数のライブラリ,プラグイン,およびモジュールを単一パッケージに結合することによって,Telluriumは,初心者と専門家の両方のための生物学的モデリングと分析のための統一的ではあるが拡張可能な解決策を提供する。利用可能性: tellurum.類推.Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 可視化 ,  *テルル ,  高次元 ,  ユーザインタフェイス ,  インタフェイス ,  アルゴリズム ,  言語 ,  類推 ,  計算機シミュレーション ,  *モデリング ,  シミュレーション ,  確率論 ,  再現性 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： プラグイン ,  Python , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： シミュレーション ,  SBML ,  ソフトウェア ,  システム生物学

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： テルル ,  合成生物学 ,  拡張 ,  Python ,  モデリング ,  環境