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J-GLOBAL ID：201802212062398619   整理番号：18A0433692

Litopenaeus vannameiにおけるde novo集合したトランスクリプトームからの選択的遺伝子型決定によるアンモニア毒性に対する耐性に関連したSNPマーカーの同定【Powered by NICT】

Identification of SNP markers associated with tolerance to ammonia toxicity by selective genotyping from de novo assembled transcriptome in Litopenaeus vannamei

著者 (14件)： Lu Xia (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Lu Xia (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China) ,  Kong Jie (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Kong Jie (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China) ,  Meng Xianhong (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Meng Xianhong (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China) ,  Cao Baoxiang (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Cao Baoxiang (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China) ,  Luo Kun (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Luo Kun (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China) ,  Dai Ping (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Dai Ping (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China) ,  Luan Sheng (Key Laboratory of Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Luan Sheng (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266071, China)
資料名： Fish & Shellfish Immunology  (Fish & Shellfish Immunology)
巻： 73  ページ： 158-166  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1617A  ISSN： 1050-4648  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 劣化した養殖環境と集約栽培システムからのアンモニアの高濃度は,病原体への感受性を増加させ,Litopenaeus vannameiの高い死亡率を引き起こすもできた。添加では,アンモニア耐性エビもL.vannameiにおいて高い病害抵抗性を持つことを明らかにした。本研究では,アンモニア毒性に対する耐性に関連するSNPマーカーを同定するために,著者らはアンモニアストレスと対照群の著者らの以前のトランスクリプトーム配列決定データからSNPを開発し,特性化し,マーカー-形質関連解析は,マーカー支援選抜(MAS)について実施したL.vannameiの生産を増加させることであった。全部で318,919のSNPがトランスクリプトーム配列から同定した,25,772のSNPは機能的アノテーションをもつ1826アンモニア応答遺伝子から発見された。エビにおける既知遺伝子に強い相同性を持つ26アンモニア応答遺伝子から49のSNPを選択し,おそらく遺伝子型決定のための候補マーカーが存在し,そのうち39SNPはアンモニア耐性(AT)とアンモニア(AS)基によるさらなるマーカー-形質関連解析のための多形としての免疫機能に関与する。最後に,49のSNPマーカーのうち12はアンモニア耐性,有意差のあるアレレ頻度をもつ10の遺伝子座とATとAS群間で有意に異なる遺伝子型頻度を有する10遺伝子座を含むと関連することがわかった。関連マーカーのうち,TSP-1(トロンボスポンジン遺伝子からの最初の遺伝子座)のG対立遺伝子,TSP3のA対立遺伝子とXBP1 5(Xボックス結合蛋白質1から五遺伝子座)のC対立遺伝子はAT群で示されたが,それらはAS群,アンモニア耐性エビのMASの優先性であろうでは存在しなかった。添加では,十二の関連するSNPマーカーを分析のために用いた場合,AT群の遺伝的多様性はAS群のそれよりも有意に高かったが,39遺伝子座を用いた場合には差はなかった。はこの種のアンモニア耐性に関連するマーカーの最初の報告であり,耐病性,エビ養殖における生存率と生産を増加させるための遺伝的選択のための重要な可能性を提供すると間接的に。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 耐病性 ,  相同性 ,  対立遺伝子 ,  病原体 ,  *トランスクリプトーム ,  *遺伝 ,  生存率 ,  *アンモニア ,  キャラクタリゼーション ,  養殖 ,  *毒性 ,  *遺伝子 ,  *遺伝子型
準シソーラス用語： *SNPマーカー ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Litopenaeus vannamei ,  デノボ集合化トランスクリプトーム ,  SNPマーカー ,  アンモニア耐性 ,  選択的遺伝子型決定 ,  病害抵抗性 ,  マーカー形質関連

分類 (2件)： 免疫反応一般  (ED03010T) ,  生体防御と免疫系一般  (ED01010F)

タイトルに関連する用語 (9件)： Litopenaeus ,  集合 ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子型決定 ,  アンモニア ,  毒性 ,  耐性 ,  SNPマーカー ,  同定