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J-GLOBAL ID：201802212186173396   整理番号：18A1114775

IrFinder:哺乳類遺伝子発現に及ぼすイントロン保持の影響の評価【JST・京大機械翻訳】

IRFinder: assessing the impact of intron retention on mammalian gene expression

著者 (22件)： Middleton Robert (Bioinformatics Laboratory, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Gao Dadi (Bioinformatics Laboratory, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Gao Dadi (Molecular Neurogenetics Unit, Center for Human Genetic Research, Massachusetts General Hospital, Boston, USA) ,  Gao Dadi (Boston & Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Gao Dadi (Gene & Stem Cell Therapy Program, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Thomas Aubin (CNRS, UPR 1142, Montpellier, France) ,  Singh Babita (Pompeu Fabra University, UPF, Barcelona, Spain) ,  Au Amy (Gene & Stem Cell Therapy Program, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Au Amy (Sydney Medical School, University of Sydney, Sydney, Australia) ,  Wong Justin J-L (Gene & Stem Cell Therapy Program, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Wong Justin J-L (Sydney Medical School, University of Sydney, Sydney, Australia) ,  Wong Justin J-L (Gene Regulation in Cancer Laboratory, Centenary Institute, University of Sydney, Camperdown, Australia) ,  Bomane Alexandra (Universite Paris Diderot, Sorbonne Paris Cite, Epigenetics and Cell Fate, UMR7216, CNRS, Paris, France) ,  Cosson Bertrand (Universite Paris Diderot, Sorbonne Paris Cite, Epigenetics and Cell Fate, UMR7216, CNRS, Paris, France) ,  Eyras Eduardo (Pompeu Fabra University, UPF, Barcelona, Spain) ,  Eyras Eduardo (Catalan Institution for Research and Advanced Studies, ICREA, Barcelona, Spain) ,  Rasko John E. J. (Gene & Stem Cell Therapy Program, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Rasko John E. J. (Sydney Medical School, University of Sydney, Sydney, Australia) ,  Rasko John E. J. (Cell and Molecular Therapies, Royal Prince Alfred Hospital, Camperdown, Australia) ,  Ritchie William (Bioinformatics Laboratory, Centenary Institute, Camperdown, Australia) ,  Ritchie William (CNRS, UPR 1142, Montpellier, France) ,  Ritchie William (CNRS, UMR 5203, Montpellier, France)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 51  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： イントロンがプレmRNAに転写され,最終mRNAに留まる時,イントロン保持(IR)が起こる。著者らは,mRNA配列データからIRを正確に検出するために,IRFinderと呼ばれるプログラムとデータベースを開発した。2573試料の分析は,IRが分析した全ての組織で起こり,全てのコード遺伝子の80%以上に影響し,細胞分化と細胞周期に関連することを示した。しばしば保持されたイントロンは特異的RNA結合蛋白質部位に富み,しばしば同じ遺伝子のクラスターに保持される。IRはより低い蛋白質レベルに関連し,非センス仲介減衰を回避するイントロン保持転写物は能動的に翻訳されない。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *イントロン ,  細胞分化 ,  データベース ,  *遺伝子 ,  *哺乳類 ,  mRNA ,  遺伝的調節 ,  *遺伝子発現 ,  RNA結合タンパク質 ,  クラスタ ,  細胞周期
準シソーラス用語： 蛋白質量 ,  影響評価 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： mRNAスプライシング ,  イントロン保持 ,  遺伝子調節

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (37件)：

• Nat Genet; Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing; Q Pan, O Shai, LJ Lee, BJ Frey, BJ Blencowe; 40; 2008; 1413-5; 10.1038/ng.259; CR1;
• Neuron; Cytoplasmic intron sequence-retaining transcripts can be dendritically targeted via ID element retrotransposons; PT Buckley, MT Lee, J-Y Sul, KY Miyashiro, TJ Bell, SA Fisher, J Kim, J Eberwine; 69; 2011; 877-84; 10.1016/j.neuron.2011.02.028; CR2;
• Mol Cell Biol; Mammalian nonsense codons can be cis effectors of nuclear mRNA half-life; P Belgrader, J Cheng, X Zhou, LS Stephenson, LE Maquat; 14; 1994; 8219-28; 10.1128/MCB.14.12.8219; CR3;
• Proc Natl Acad Sci U S A; Sequence conservation, relative isoform frequencies, and nonsense-mediated decay in evolutionarily conserved alternative splicing; D Baek, P Green; 102; 2005; 12813-8; 10.1073/pnas.0506139102; CR4;
• Curr Opin Genet Dev; Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) in animal embryogenesis: to die or not to die, that is the question; J Hwang, LE Maquat; 21; 2011; 422-30; 10.1016/j.gde.2011.03.008; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： 哺乳類 ,  遺伝子発現 ,  イントロン ,  影響の評価