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J-GLOBAL ID：201802212216335975   整理番号：18A0974483

多重研究統合による上皮間葉転換における包括的発現パターンと重要な調節因子の同定【JST・京大機械翻訳】

Identifying global expression patterns and key regulators in epithelial to mesenchymal transition through multi-study integration

著者 (5件)： Parsana Princy (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Amend Sarah R. (Department of Urology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Hernandez James (Department of Urology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Pienta Kenneth J. (Department of Urology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Battle Alexis (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA)
資料名： BMC Cancer (Web)  (BMC Cancer (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 447  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7305A  ISSN： 1471-2407  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】上皮細胞から間充織への移行(EMT)は,静止上皮細胞が運動性の増加により間充織細胞に分化する過程である。EMTは,発達および創傷治癒の初期段階において不可欠である。EMTは,多発癌における遊走および浸潤特性の獲得に関与する腫瘍転移における重要な初期イベントであることを研究が示している。【方法】本研究では,EMTの誘導の異なるモードまたは逆転移,間充織から上皮への移行(MET)により,95の観察(45のユニークなサンプルと50の複製)を通して,12の細胞株を表す遺伝子発現Omnibus(GEO)から15の公表された遺伝子発現マイクロアレイデータセットを使用した。著者らは,遺伝子発現測定における研究差,バッチ効果,およびノイズを考慮しながら,複数の遺伝子発現データセットを統合した。普遍的な差分EMT遺伝子リストを,4つのアプローチを用いてデータを正規化し,補正することによって得て,各々からの微分表現を計算して,合意ランキングを同定した。前立腺癌-PC3 epi,EMTおよびタキソール耐性細胞系のin vitro EMTモデルにおいて,mRNAおよび蛋白質レベルでの新規EMT遺伝子の発見を確認した。PC3上皮細胞におけるC1orf116のsiRNAノックダウンによる新規EMT調節因子としてのC1orf116の発見を検証した。【結果】差別的に発現した遺伝子の間で,著者らは,CDH1およびZEB1のような既知の上皮および間充織マーカー遺伝子を発見した。さらに,前立腺癌において未知の癌のサブセットにおいて知られている遺伝子を発見した。これは上皮特異的なLSRおよびS100A14および間充織特異的DPYSL3を含んでいた。さらに,著者らは,低特性化遺伝子C1orf116を含む新しいEMT遺伝子も発見した。C1orf116の発現低下は肺及び前立腺癌患者における予後不良と関連することを示した。C1orf116発現のノックダウンは上皮前立腺癌細胞系PC3-epi細胞における間充織遺伝子の発現を誘導し,上皮表現型の候補ドライバーとしてそれを示唆することを示した。結論:統計解析と機能的検証のこの包括的アプローチはEMTと候補調節遺伝子における全体的な発現パターンを同定し,それにより現在の知識を拡張し,EMTの新しい運転者を同定する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 患者 ,  in vitro実験 ,  統計解析 ,  *上皮 ,  上皮細胞 ,  腫瘍転移 ,  E-カドヘリン ,  遺伝子発現 ,  遺伝子 ,  キャラクタリゼーション ,  間充織 ,  表現型 ,  mRNA ,  前立腺腫瘍
準シソーラス用語： *上皮間葉転換 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： EMT ,  転移 ,  前立腺癌 ,  C1orf116 ,  マルチスタディ統合

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

引用文献 (73件)：

• Nat Rev Cancer; Metastasis: a question of life or death; P Mehlen, A Puisieux; 6; 2006; 449-458; 10.1038/nrc1886; CR1;
• Genes Dev; Epithelial-mesenchymal plasticity in carcinoma metastasis; JH Tsai, J Yang; 27; 2013; 2192-2206; 10.1101/gad.225334.113; CR2;
• Chaffer CL, Weinberg R a. A Perspective on Cancer Cell Metastasis. Science (80-. ). 2011;331:1559-64.
• Cell; Epithelial-Mesenchymal transitions in development and disease; JP Thiery, H Acloque, RYJ Huang, MA Nieto; 139; 2009; 871-890; 10.1016/j.cell.2009.11.007; CR4;
• J Clin Invest; The basics of epithelial-mesenchymal transition; R Kalluri, RA Weinberg; 119; 2009; 1420-1428; 10.1172/JCI39104; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： 多重 ,  研究 ,  統合 ,  上皮間葉転換 ,  発現パターン ,  調節因子 ,  同定