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J-GLOBAL ID：201802212645773234   整理番号：18A0498631

コンビナトリアル遺伝子スクリーニングのためのオルソロガスなCRISPR-Cas9酵素

Orthologous CRISPR-Cas9 enzymes for combinatorial genetic screens

著者 (17件)： NAJM Fadi J (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  STRAND Christine (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  DONOVAN Katherine F (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  HEGDE Mudra (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  SANSON Kendall R (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  VAIMBERG Emma W (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  SULLENDER Meagan E (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  HARTENIAN Ella (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  KALANI Zohra (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  YOUNGER Scott T (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  BERNSTEIN Bradley E (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  ROOT David E (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  DOENCH John G (Broad Inst., Harvard and MIT, Massachusetts, USA) ,  NAJM Fadi J (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  BERNSTEIN Bradley E (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  FUSI Nicolo (Microsoft Res. New England, Massachusetts, USA) ,  LISTGARTEN Jennifer (Microsoft Res. New England, Massachusetts, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 36  号： 2  ページ： 179-189  発行年： 2018年02月06日 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CRISPR-Cas9を用いるコンビナトリアル遺伝子スクリーニングは,重複遺伝子の発見および複雑な遺伝子ネットワークの探究に有用な方法である。しかし,現在の方法はシングルガイドRNA(sgRNA)同士の干渉,および遺伝子ターゲッティング活性の低さが課題となっている。我々は,コンビナトリアルスクリーニングを効率化するため,黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)および化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)由来の独立したCas9酵素を使用した。機械学習を用いてS.aureus Cas9sgRNAの設計ルールを確立し,S.aureus Cas9をS.pyogenes Cas9とペアにして,多数の細胞で二重ターゲッティングを実施した。また,レンチウイルスベクターとクローニング戦略を開発して,高度に複雑化したプールされた二重ノックアウトライブラリーを作成し,MAPK経路遺伝子やアポトーシス遺伝子を含む合成致死性および緩衝性の遺伝子ペアを複数の細胞型で特定した。このオルソロガスな方法では,遺伝子ノックアウトと転写活性化を組み合わせるスクリーニングも可能となり,TP53との遺伝子相互作用が明らかにされた。今回示したBig Papi(paired aureus and pyogenes for interactions)法は,コンビナトリアルな表現型の研究に広く応用可能と考えられる。Copyright Nature Japan KK 2018

シソーラス用語： 表現型 ,  アポトーシス ,  機械学習 ,  ターゲティング ,  遺伝子ターゲティング ,  *遺伝子 ,  *酵素 ,  黄色ぶどう球菌 ,  溶血性連鎖球菌
準シソーラス用語： 転写活性化 ,  sgRNA ,  遺伝子ネットワーク ,  *Cas9 ,  *CRISPR配列 ,  *遺伝子検査 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子操作  (EC02050B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (3件)： 遺伝子スクリーニング ,  CRISPR ,  Cas9酵素