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J-GLOBAL ID：201802212745395918   整理番号：18A0787517

MesorhizobiumuakuII 7653Rにおける比較分析による遺伝子間低分子RNAのゲノムワイド予測と同定【JST・京大機械翻訳】

A Genome-Wide Prediction and Identification of Intergenic Small RNAs by Comparative Analysis in Mesorhizobium huakuii 7653R

著者 (8件)： Fuli Xie (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Wenlong Zhao (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Xiao Wang (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Jing Zhang (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Baohai Hao (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Zhengzheng Zou (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Bin-Guang Ma (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University) ,  Youguo Li (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 1730  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌において,小さな非コードRNA(sRNA)は,代謝,生理学または外部環境の変化に対する細胞適応の重要な調節因子である。過去10年間に,sRNAファミリーの2000以上がRfamデータベースで報告されており,細菌の転写と翻訳において種々の調節機能を発揮することが示されている。しかし,MesorhizobiumにおけるsRNAとそれらの機能についてはほとんど知られていない。ここでは,M.huakuii 7653Rの遺伝子間領域(IGRs)における推定sRNAを,4つの関連するMesorhizobial株とのゲノムワイド比較により予測した。候補sRNAの発現と転写領域を,一連の高スループットRNA深配列決定データを用いて分析した。全部で,39の候補sRNAが見出され,5つは共生メガapに位置し,34はM.huakuii 7653Rの染色体にあった。これらのうち,24はRfamデータベースにおいて機能的sRNAとして注釈され,15は推定新規sRNAと認識された。9つの選択されたsRNAの発現は,ノーザンブロット法によって確認され,9つの選択されたsRNAの大部分は,28dpi根粒および共生模倣条件下で高度に発現された。これらの推定新規sRNAについて,それらの標的遺伝子の機能的カテゴリー化を濃縮GO項の分析により行った。加えて,MH_s15は豊富で保存されたsRNAであることが示された。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 細菌 ,  データベース ,  染色体 ,  ノーザンブロット法 ,  生理学 ,  根粒 ,  *RNA【核酸】 ,  *予測 ,  *遺伝子 ,  共生
準シソーラス用語： 標的遺伝子 ,  ハイスループット ,  *Mesorhizobium ,  調節因子 ,  *低分子RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 小RNA ,  比較分析 ,  RNA-seq ,  ノーザンブロット ,  MesorhizobiumuakuII

分類 (2件)： 微生物生理一般  (EG03051L) ,  生物学的機能  (EB04020F)

タイトルに関連する用語 (5件)： 比較分析 ,  低分子RNA ,  ゲノム ,  予測 ,  同定