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J-GLOBAL ID：201802213266456982   整理番号：18A0975702

ゲノムワイドDNAメチル化分析はリンパ芽球細胞株における低CpGプロモーター領域の低メチル化を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide DNA methylation analysis reveals hypomethylation in the low-CpG promoter regions in lymphoblastoid cell lines

著者 (5件)： Taniguchi Itsuki (Division of Genomics, Medical Institute of Bioregulation, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Iwaya Chihiro (Division of Genomics, Medical Institute of Bioregulation, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Ohnaka Keizo (Department of Geriatric Medicine, Graduate School of Medical Sciences, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Shibata Hiroki (Division of Genomics, Medical Institute of Bioregulation, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Yamamoto Ken (Department of Medical Biochemistry, Kurume University School of Medicine, Kurume, Japan)
資料名： Human Genomics (Web)  (Human Genomics (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 8  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7322A  ISSN： 1479-7364  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】DNAメチル化プロフィールの疫学的研究は,遺伝的および環境的因子が多因子性疾患のリスクに寄与する分子機構を明らかにする可能性がある。一般的に使用されているDNAバイオ資源,末梢血細胞(PBCs)およびEBV形質転換リンパ芽球様細胞株(LCL)の2つの型があり,それらは遺伝的疫学研究に利用可能である。したがって,LCLとPBCs間のDNAメチル化状態における差異の知識を広げることは,これらのDNA源を用いて多因子疾患に対する後成的リスクを解明するヒト集団研究において重要である。著者らは,ヒトメチル化450Kアレイを用いて,PBCsおよびLCLから得られた192および92のDNA試料に対するオートソームのメチル化状態をそれぞれ分析した。SNP関連メチル化部位と低コール部位を除いた後,400,240部位を,独立変数として細胞型,性および年齢を有する一般化線形モデルを用いて分析した。【結果】著者らは,サイトの大きな比率が,PBCsと比較してLCLにおけるより低いメチル化レベルを示し,それは以前の報告と一致することを見出した。また,有意に異なるメチル化部位が転写開始部位から比較的遠い領域のCpG島の外側に位置する傾向があることを見出した。さらに,低CpGプロモーター領域における部位のメチル化変化が顕著であることを観察した。最後に,LCLにおけるELOVL2とFHL2における年代年齢と年齢関連メチル化部位の間の相関は,PBCsにおけるそれより弱いことを示した。結論:PBCsにおける低CpG密度プロモーターの高度メチル化部位のメチル化レベルはLCLにおいて減少し,低CpG密度プロモーターに位置するメチル化部位がLCLにおける脱メチル化に敏感であることを示唆した。単一細胞型から生成されているにもかかわらず,LCLは,疾患リスクにおけるエピジェネティックな変化の役割を解明するためのエピゲノム解析の研究において,PBCsからのDNAに対する代理ではない可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *メチル化 ,  *プロモーター領域 ,  遺伝 ,  脱メチル ,  エピジェネティクス ,  常染色体 ,  疫学 ,  末梢血 ,  ヒト ,  *DNA【核酸】
準シソーラス用語： エピゲノム ,  CpGアイランド ,  分子機構 ,  *CpG ,  *DNAメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： DNAメチル化 ,  リンパ芽球細胞株 ,  エピゲノム全体の分析 ,  エピジェネティックな疫学 ,  ヒトメチル化アレイ

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (24件)：

• Genome Res.; Genetic control of gene expression in whole blood and lymphoblastoid cell lines is largely independent; JE Powell, AK Henders, AF McRae, MJ Wright, NG Martin, ET Dermitzakis, GW Montgomery, PM Visscher; 22; 2012; 456-66; 10.1101/gr.126540.111; CR1;
• Nat Rev Cardiol.; Epigenetics and cardiovascular disease; JM Ordovás, CE Smith; 7; 2010; 510-19; 10.1038/nrcardio.2010.104; CR2;
• Autoimmun Rev.; Genes, epigenetic regulation and environmental factors: which is the most relevant in developing autoimmune diseases?; KH Costenbader, S Gay, ME Alarcón-Riquelme, L Iaccarino, A Doria; 11; 2012; 604-9; 10.1016/j.autrev.2011.10.022; CR3;
• Clin Genet.; Epigenetic changes in diabetes; ST Keating, A El-Osta; 84; 2013; 1-10; 10.1111/cge.12121; CR4;
• Nature.; Charting a dynamic DNA methylation landscape of the human genome; MJ Ziller, H Gu, F Müller, J Donaghey, LT Tsai, O Kohlbacher, PL Jager, ED Rosen, DA Bennett, BE Bernstein; 500; 2013; 477-81; 10.1038/nature12433; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： ゲノム ,  DNAメチル化 ,  分析 ,  リンパ芽球 ,  細胞株 ,  CpG ,  プロモーター領域 ,  低メチル化