接触ポテンシャルと結合スコアリング関数を用いたテンプレートベースと自由ドッキングによる110 120モデリングCAPRI標的【Powered by NICT】

Kundrotas Petras J.; Anishchenko Ivan; Badal Varsha D.; Das Madhurima; Dauzhenka Taras; Vakser Ilya A.

文献

J-GLOBAL ID：201802213642111739 整理番号：18A0469309

接触ポテンシャルと結合スコアリング関数を用いたテンプレートベースと自由ドッキングによる110 120モデリングCAPRI標的【Powered by NICT】

Modeling CAPRI targets 110-120 by template-based and free docking using contact potential and combined scoring function

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資料名：
巻： 86 Suppl S1 ページ： 302-310 発行年： 2018年
JST資料番号： T0761A ISSN： 0887-3585 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

関節CASP12/CAPRI37ラウンドで著者らのテンプレートに基づく方法と自由ドッキング予測の解析を提示した。テンプレートベースのドッキングのための新しいスコアリング関数は,Dockground資源に関するベンチマークを開発し,ターゲットに適用した。結果は,関数は不正確なドッキング予測を識別できることを示した。正しく予測された標的では,スコアリング関数は,他の考察,テンプレート間のオリゴマ状態の一貫性,生物学的機能の類似性,生物学的界面関連性などによって補完した。スコアリング機能はまだ結晶充填界面からの生物学的および区別せず,α-ヘリックスの束のドッキングのための更なる開発を必要とする。三量体ターゲットの場合では,配列を基にした方法は,共通性の高いテンプレートを発見し,構造の類似性にもかかわらず,比較ドッキングの構造と配列アラインメントの相補的利用を示唆した。結果は良好なドッキングテンプレートが見出されるならば,界面の正確なモデルは,個々のサブユニットの不正確なモデルから構築できることを示した。自由ドッキングは個々のモデルの品質に非常に敏感である。しかし,新たに開発した接触電位は,結合部位の近似位置を検出した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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著者キーワード (4件)： , , ,

蛋白質・ペプチド一般 , 分子構造 , 分子・遺伝情報処理

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