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J-GLOBAL ID：201802214183668034   整理番号：18A0780282

[岡田孝先生と西岡孝明先生の退職記念号:化学データサイエンス]PPIネットワークにおける酵母蛋白質の中心性値はそれらの必要性と機能に関連している

[Dedicated to Prof. T. Okada and Prof. T. Nishioka: data science in chemistry]Centrality Values of Yeast Proteins in a PPI Network Are Related to Their Essentiality and Functions

著者 (5件)： Altaf-Ul-Amin Md. (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Hartono Wijaya Sony (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Hartono Wijaya Sony (Department of Computer Science, Bogor Agricultural University) ,  Fitra Chandra Dodi (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Kanaya Shigehiko (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology)
資料名： Journal of Computer Aided Chemistry (Web)  (Journal of Computer Aided Chemistry (Web))
巻： 18  ページ： 94-109(J-STAGE)  発行年： 2017年 
JST資料番号： U0067A  ISSN： 1345-8647  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークの状況における蛋白質の中心性はそれらの必要性に関連することが長く研究され,理解されている。本研究において,著者らは,受容体動作特性(ROC)曲線の概念を用いて,異なるアプローチに従って,PPIネットワークにおける酵母蛋白質の必要性とそれらの中心性指標の間の関係を検証した。すべての中心性指標は必要性に関連することを見出した。しかし,使用したデータの場合には,次数中心性がより良好であった。酵母蛋白質の異なる中心性値を深く調べることにより,それらが高度に相関しないことを見出し,それにより,中心性が遺伝子/蛋白質機能との関係を持つ可能性があるという仮説を導いた。実際に,中心性値のパターンに基づいて生成された多くのクラスタは,類似の機能蛋白質に富むことを見出した。異なるタイプの中心性値は,ネットワークにおけるノードの異なるタイプの重要性を意味し,遺伝子の機能は様々なタイプである。本研究では,異なる機能の重要な遺伝子が中心性の異なるパターンを示す傾向があると仮定し,ここでは類似の機能遺伝子のグループと中心性値のプロファイルの間のいくつかの予備的な関係を示した。本論文で論じたネットワーク生物学の概念は,化合物のネットワークを含む他のネットワークに適用できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *分子間相互作用 ,  酵母 ,  *解析 ,  指標 ,  データ処理 ,  データ収集 ,  *分子遺伝現象 ,  *タンパク質 ,  生物活性
準シソーラス用語： *ネットワーク解析 ,  *遺伝子機能 ,  機能性蛋白質 ,  *蛋白質-蛋白質相互作用 ,  蛋白質機能 ,  中心性指標

著者キーワード (5件)： PPIネットワーク ,  酵母 ,  必須遺伝子 ,  中心性測度 ,  ROC曲線

分類 (1件)： その他の情報処理  (JE15050M)

引用文献 (30件)：

• Acevedo-Rocha, C.G., Fang, G., Schmidt, M., et al. (2013) From essential to persistent genes: A functional approach to constructing synthetic life. Trends Genet., 29 (5), 273-279.
• Juhas, M., Eberl, L., and Church, G.M. (2012) Essential genes as antimicrobial targets and cornerstones of synthetic biology. Trends Biotechnol., 30 (11), 601-607.
• Ito, T., Chiba, T., Ozawa, R., et al. (2001) A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 98 (8), 4569-4574.
• Gavin, a C., Bösche, M., Krauser, R., et al. (2002) Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes. Nature, 415, 141-147.
• Ho, Y., Gruhler, a, Heilbut, a, et al. (2002) Systematic identification of protein complexes in Saccharomyces cerevisiae by mass spectrometry. Nature, 415 (January), 180-183.

タイトルに関連する用語 (7件)： 先生 ,  退職 ,  化学 ,  データサイエンス ,  PPI ,  酵母 ,  蛋白質