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J-GLOBAL ID：201802214619406062   整理番号：18A0793200

単純なPb/Lie自由エネルギー関数はTiam1 PDZドメインのペプチド結合特異性を正確に予測する【JST・京大機械翻訳】

A Simple PB/LIE Free Energy Function Accurately Predicts the Peptide Binding Specificity of the Tiam1 PDZ Domain

著者 (5件)： Panel Nicolas (Laboratoire de Biochimie (CNRS UMR7654), Ecole Polytechnique) ,  Sun Young Joo (Department of Biochemistry, Roy J. and Lucille A. Carver College of Medicine, University of Iowa) ,  Fuentes Ernesto J. (Department of Biochemistry, Roy J. and Lucille A. Carver College of Medicine, University of Iowa) ,  Fuentes Ernesto J. (Holden Comprehensive Cancer Center) ,  Simonson Thomas (Laboratoire de Biochimie (CNRS UMR7654), Ecole Polytechnique)
資料名： Frontiers in Molecular Biosciences (Web)  (Frontiers in Molecular Biosciences (Web))
巻： 4  ページ： 65  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7081A  ISSN： 2296-889X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： PDZドメインは一般に標的蛋白質のC末端で短いアミノ酸配列を結合し,短いペプチドは阻害剤またはモデルリガンドとして使用できる。ここでは,Tiam1 PDZドメインを含む51の複合体を特性化し,半経験的自由エネルギー関数の性能を試験するために,実験的結合アッセイと分子動力学シミュレーションを用いた。自由エネルギー関数は,Poisson-Boltzmann(PB)連続体静電項,van der Waals相互作用エネルギー,および表面積項を組み合わせた。各項は経験的に重み付けされ,線形相互作用エネルギーまたは「PB/LIE」自由エネルギーを与えた。モデルは0.43kcal/molの平均非符号偏差と,実験と計算自由エネルギーの間の0.64のピアソン相関をもたらし,これは全ての錯体が同じ親和性を有し,α_2ヘリックスの配向がペプチド特異性の決定的決定因子であることを示すいくつかの実験的観察を支持した。また,モデルを用いて,シンデカン1およびCaspr4ペプチドの点突然変異体に対応する9つの新しい変異体に対する結合自由エネルギーを予測した。予測は改善された結合を明らかにしなかった;しかしながら,それらは,非天然アミノ酸がin vivoでプロテアーゼ耐性とペプチド寿命を増加させるために使用できることを示唆する。このモデルの全体的性能は,将来の新しいPDZ配位子の設計におけるその利用を可能にするはずである。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 点突然変異 ,  親和性 ,  *ペプチド ,  キャラクタリゼーション ,  分子動力学 ,  アミノ酸配列 ,  計算機シミュレーション ,  *自由エネルギー
準シソーラス用語： 結合自由エネルギー ,  *特異性 ,  相互作用エネルギー ,  分子動力学シミュレーション ,  阻害剤 ,  *PDZドメイン ,  *ドメイン構造 ,  *エネルギー関数 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 分子動力学 ,  連続体静電気学 ,  NAMDソフトウェア ,  蛍光異方性 ,  ペプチド設計

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： Pb ,  エネルギー関数 ,  Tiam1 ,  PDZドメイン ,  ペプチド結合 ,  特異性 ,  予測