原核生物プロモーターの普遍的構造およびエネルギーモデルに向けて【JST・京大機械翻訳】

Mishra Akhilesh; Mishra Akhilesh; Siwach Priyanka; Siwach Priyanka; Misra Pallavi; Jayaram Bhyravabhotla; Jayaram Bhyravabhotla; Jayaram Bhyravabhotla; Bansal Manju; Olson Wilma K.; Thayer Kelly M.; Beveridge David L.

文献

J-GLOBAL ID：201802215257229715 整理番号：18A1858994

原核生物プロモーターの普遍的構造およびエネルギーモデルに向けて【JST・京大機械翻訳】

Toward a Universal Structural and Energetic Model for Prokaryotic Promoters

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資料名：
巻： 115 号： 7 ページ： 1180-1189 発行年： 2018年
JST資料番号： B0298A ISSN： 0006-3495 CODEN： BIOJAU 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

原核生物においてほとんどコンセンサスプロモーター配列がないので,正確な転写開始部位(TSSs)へのRNAポリメラーゼ(RNAP)の動員は未解決のパズルを残している。根底にある機構を明らかにすることは,遺伝子調節の原理を理解するために重要である。著者らは,それらの構造とエネルギー論における2つのkingdomsを表す12の原核生物の約16500のプロモーターにおける隠れたコードを調査することを試みた。骨格角,塩基対軸,及び塩基対間及びバンド内パラメータを含むDNA構造の28の基本パラメータを用い,X線結晶学データから情報を抽出した。3つのパラメータ(溶媒和エネルギー,水素結合エネルギー,および積層エネルギー)を,自家プログラムを用いてエネルギー論的プロファイルを作成するために選択した。プロモータ領域のDNAは,すべての原核生物において,研究のために行われたあらゆるパラメータの変化を受けるように本質的に設計されていることが分かった。変化はTSSsの上流の距離から始まり,TSSからいくつかの距離を継続し,したがって,プロモーター領域に対する署名状態を与える。これらの署名状態はRNAPによって認識される普遍的な隠れ符号であるかもしれない。この観察は,ランダムに選択されたプロモーター配列(ほとんど配列保存を伴わない)が構造生成を受けたときに繰り返された;すべては,従来のB-DNAとコード配列のそれらと全く異なる非常に類似した三次元構造に発展した。プロモーターの重要なモチーフ(すなわち,TSSに対して-11,-35および-75の位置)における微細構造の詳細は,著者らの知識に対して新しいことを明らかにし,これらの位置におけるRNAP相互作用に対する洞察を指摘した。それは,-11領域におけるいくつかの特別な構造変化が,DNA二本鎖からの塩基のフリップを容易にするだけでなく,塩基対間空間におけるRNAPアミノ酸の挿入を可能にする可能性があるかどうかと相関させることができた。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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