文献

J-GLOBAL ID：201802215801446637   整理番号：18A1031748

培養陰性臨床試料中の細菌同定のための2つの市販広範囲PCR法と配列分析法の比較【JST・京大機械翻訳】

Comparison of two commercial broad-range PCR and sequencing assays for identification of bacteria in culture-negative clinical samples

著者 (6件)： Stavnsbjerg Camilla (Department of Clinical Microbiology, Centre for Diagnostics, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark) ,  Stavnsbjerg Camilla (Department of Immunology and Microbiology, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Frimodt-Moller Niels (Department of Clinical Microbiology, Centre for Diagnostics, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark) ,  Moser Claus (Department of Clinical Microbiology, Centre for Diagnostics, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark) ,  Bjarnsholt Thomas (Department of Clinical Microbiology, Centre for Diagnostics, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark) ,  Bjarnsholt Thomas (Department of Immunology and Microbiology, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark)
資料名： BMC Infectious Diseases (Web)  (BMC Infectious Diseases (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 233  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7430A  ISSN： 1471-2334  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:培養は,細菌感染における病原性薬剤を検出するためのゴールドスタンダードである。しかし,いくつかの場合,培養は感染を検出することができない。培養陰性試料をさらに調べるために,16S rRNA遺伝子の増幅とその後の配列決定がしばしば適用される。本研究の目的は,著者らの臨床微生物学の部門で使用されている現在の方法を,Uniersal Microbe Detection(UMD)SelectNAキット(Molzymm,ドイツ)を用いて,MicroSeqIDシステム(米国,米国)に基づいて比較することであった。【方法】76の培養陰性サンプルを最初にMicroSeqID分析で処理し,全DNAを抽出し,16S遺伝子をMicroSeqIDシステムで増幅し配列した。その後,試料をUMD SelectNA分析で処理し,ヒトDNAをDNA抽出操作中に除去し,16S遺伝子をリアルタイムPCRで増幅し,配列決定した。【結果】76のサンプルのうちの22(28.9%)は,UMD SelectNAを有する細菌に対して陽性であった。それは,76のサンプルのうちの11(14.5%)が陽性であったMicroSeqIDより有意に多かった(p=0.0055)。UMD SelectNAアッセイはMicroSeqID分析(p=0.0233)よりもより関連した細菌病原体を同定したが,汚染と考えられる多くの種を見出した。【結論】UMD SelectNA分析は,培養陰性サンプルにおける病原体の同定に有用であった。しかし,アッセイの敏感な性質のために,偽陽性を避けるために極端なケアが示唆される。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ドイツ連邦共和国 ,  DNA【核酸】 ,  リアルタイムPCR法 ,  病原体 ,  病原性 ,  *培養 ,  細菌感染 ,  *細菌 ,  ヒト ,  アメリカ合衆国
準シソーラス用語： 分子診断 ,  誤検出 ,  DNA抽出 ,  16S rRNA遺伝子 ,  *配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 培養陰性試料 ,  分子診断 ,  普遍的な微生物検出 ,  16S PCR

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K)

引用文献 (27件)：

• Rampini SK, Bloemberg G V, Keller PM, Büchler AC, Dollenmaier G, Speck RF, et al. Broad-range 16S rRNA gene polymerase chain reaction for diagnosis of culture-negative bacterial infections. Clin Infect Dis. 2011 [cited 2014 Dec 19];53:1245-51. Available from:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21976460.
• N Engl J Med; Prosthetic-joint infections; W Zimmerli, A Trampuz, PE Ochsner; 351; 2004; 1645-1654; 10.1056/NEJMra040181; CR2;
• Front Microbiol; The importance of the viable but non-culturable state in human bacterial pathogens; L Li, N Mendis, H Trigui, JD Oliver, SP Faucher; 5; 2014; 1-1; CR3;
• Marín M, Muñoz P, Sánchez M, del Rosal M, Alcalá L, Rodríguez-Créixems M, et al. Molecular diagnosis of infective endocarditis by real-time broad-range polymerase chain reaction (PCR) and sequencing directly from heart valve tissue. Medicine (Baltimore). 2007 [cited 2014 Feb 17];86:195-202. Available from:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17632260.
• Costerton JW. Biofilm theory can guide the treatment of device-related orthopaedic infections. Clin Orthop Relat Res. 2005 [cited 2014 Dec 30];7-11. Available from:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16056019.

タイトルに関連する用語 (6件)： 培養 ,  臨床 ,  試料 ,  細菌同定 ,  PCR法 ,  配列分析