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J-GLOBAL ID：201802216310714883   整理番号：18A1575242

マンシュウイカのトランスクリプトームマイクロサテライトの特徴分析【JST・京大機械翻訳】

Deep Sequence-Based Transcriptome Analysis of Microsatellites in the Cuttlefish (Sepiella japonica)

著者 (6件)： Guan Ao (浙江海洋大学海洋科学与技術学院 国家海洋設施養殖工程技術研究中心 舟山 316022) ,  Wu Yuting (浙江海洋大学海洋科学与技術学院 国家海洋設施養殖工程技術研究中心 舟山 316022) ,  Chen Yu (浙江海洋大学海洋科学与技術学院 国家海洋設施養殖工程技術研究中心 舟山 316022) ,  Sun Yang (浙江海洋大学海洋科学与技術学院 国家海洋設施養殖工程技術研究中心 舟山 316022) ,  Qi Pengzhi (浙江海洋大学海洋科学与技術学院 国家海洋設施養殖工程技術研究中心 舟山 316022) ,  Guo Baoying (浙江海洋大学海洋科学与技術学院 国家海洋設施養殖工程技術研究中心 舟山 316022)
資料名： Yuye Kexue Jinzhan  (Yuye Kexue Jinzhan)
巻： 39  号： 3  ページ： 144-151  発行年： 2018年 
JST資料番号： C2028A  ISSN： 1000-7075  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では、ハイスループットシーケンシングで得られたマンシュウイカイカ(Sepiellajaponica)のトランスクリプトームデータを基に、MISA(MIcroSAtellite)ソフトを用いて、その単純配列反復(Simplesequencerepeat)を行った。SSR遺伝子座は高フラックス発掘を行った。1275のUnigeneを,104058bpの全長で,1275のUnigenesを組み立てて得た。Unigene配列に対してSSR分析を行い、計62124のSSR(完全型SSR36813個)が得られ、50626本のUnigene配列に分布し、SSRの出現頻度は48.70%、平均16.6kbに1つのSSRが現れた。マイクロサテライト配列は主に二塩基反復型(31227,50.27%)で,次は三塩基反復(16230,26.13%)であった。合計122の塩基反復モチーフが発見され,すべての反復モチーフ(AT/AT)nが23.33%を占め,次いで(AAAG/CTTT)n(17.42%)であった。SSR(完全型)の平均長さは25.87bpで,マイクロサテライトは20bp以上の長配列で,20bp以上のマイクロサテライト配列が全数の51%を占めた。本研究により、マンシュウイカのマイクロサテライトの出現頻度と長さには、極めて顕著な負の相関があり(P<0.01)、相関係数は-0.594であることが分かった。この研究結果は,高度多型マイクロサテライトプライマーの開発のための基礎を築いた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *トランスクリプトーム ,  相関係数 ,  *マイクロサテライト
準シソーラス用語： トリヌクレオチド反復 ,  出現頻度 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Sepiella japonica ,  Microsatellite ,  Transcriptome ,  High-throughput sequencing ,  Repeat motif

分類 (2件)： 魚類以外の水産動物  (FH02030V) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (1件)： 特徴分析