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J-GLOBAL ID：201802216424618405   整理番号：18A1713131

胚発生中の八倍体カエル,Xenopus andreiのトランスクリプトーム【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome of Xenopus andrei, an octoploid frog, during embryonic development

著者 (3件)： Pownall Mark E. (College of William & Mary, Biology Department, Williamsburg, VA 23185, United States) ,  Cutler Ronald R. (College of William & Mary, Biology Department, Williamsburg, VA 23185, United States) ,  Saha Margaret S. (College of William & Mary, Biology Department, Williamsburg, VA 23185, United States)
資料名： Data in Brief  (Data in Brief)
巻： 19  ページ： 501-505  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3049A  ISSN： 2352-3409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 倍数性は魚類と両生類系統を通して起こるが,アフリカツメガエル属は倍数性の高い発生率を示し,26の既知種のうち25は倍数体である。しかしながら,トランスクリプトーム情報は現在,これらの種の一つ,四倍体Xenopus laevisに対して利用可能である。Xenopus属内の八倍体種,Xenopus andreiは脊椎動物発生時の新しい倍数体トランスクリプトームを評価する機会を提供する。RNA-seqデータを,遊泳オタマジャクシ段階を通して未受精卵からの9つの異なる発生段階で発生させ,生のFastQファイルをNCBI SRAデータベース(受入番号SRP134281)において堆積した。さらに,すべての9つの段階からのRNA-seqデータを,Trinityを用いてトランスクリプトームのde novo集合を作成するためにプールし,NCBI GEOデータベース(登録番号GSE111639)において堆積した。著者らの知る限り,これは八倍体脊椎動物トランスクリプトームの最初の公表された集合を表している。全体で,849Mbが組み立てられ,それは630塩基のコンティグN50を持つ集合体における1,650,048の転写産物の同定をもたらした。このRNA-Seqとトランスクリプトームのデータは,Xenopus種にわたる倍数体トランスクリプトームを比較するのに有用であり,脊椎動物における全ゲノム重複と倍数性の進化的意味を理解するのに有用である。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アフリカツメガエル ,  脊椎動物 ,  オタマジャクシ ,  倍数体 ,  *胚発生 ,  *トランスクリプトーム ,  遺伝子重複 ,  RNA【核酸】 ,  四倍体 ,  データベース
準シソーラス用語： 転写産物 ,  コンティグ ,  RNA-seq ,  多倍数性 ,  *八倍体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 開発 ,  八倍体 ,  倍数性 ,  トランスクリプトーム ,  RNA-seq ,  アフリカツメガエル

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  発生と分化  (EJ16020W)

タイトルに関連する用語 (5件)： 胚発生 ,  八倍体 ,  カエル ,  Xenopus ,  トランスクリプトーム