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J-GLOBAL ID：201802216630386909   整理番号：18A0514876

遺伝子の特異的なグループ間のRNA発現レベルの差の重要性評価のための仮説駆動型アプローチ【Powered by NICT】

A hypothesis-driven approach to assessing significance of differences in RNA expression levels among specific groups of genes

著者 (7件)： He Mingze (Bioinformatics and Computational Biology Program, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA) ,  He Mingze (Department of Genetics, Development and Cell Biology, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA) ,  Liu Peng (Bioinformatics and Computational Biology Program, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA) ,  Liu Peng (Department of Statistics, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA) ,  Lawrence-Dill Carolyn J. (Bioinformatics and Computational Biology Program, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA) ,  Lawrence-Dill Carolyn J. (Department of Genetics, Development and Cell Biology, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA) ,  Lawrence-Dill Carolyn J. (Department of Agronomy, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA)
資料名： Current Plant Biology  (Current Plant Biology)
巻： 11-12  ページ： 46-51  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3003A  ISSN： 2214-6628  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムワイド分子遺伝子発現研究は,一般的に差次的に発現した遺伝子は特異的な生化学的経路,細胞成分,生物学的プロセス,分子機能に富み,などがあるかどうかを決定するために,複数の条件とそれに続くクラスタと遺伝子セット濃縮分析を介して各遺伝子の発現値を比較した。遺伝子発現の差異を解析するためのこのアプローチは,遺伝子機能の発見を可能にするが,遺伝子の事前に定義された群は処理に応じてのそれらの発現パターンの共有または発散するかどうかを決定することも事前に定義された遺伝子セット分類の正しさを評価するために有用ではない。ここでは,事前に定義された遺伝子群の発現レベルの違いの重要性を直接評価するための可変形質として遺伝子を処理することにより比較の寸法を変化させる簡単な方法を示した。発現分布は典型的に歪んだ(,Gauss統計的方法を用いた直接評価のための不適合)のでこの方法は正規分布とそれに続く遺伝子を基にを近似するための形質転換発現データを含む,観察された違いの有意性を評価するためにGaussパラメータ法を適用した。この方法は試料内や試料全体の遺伝子発現分布の違いの評価を可能にし,遺伝子のグループ間の仮説の比較を可能にした。トウモロコシにおける熱ストレス条件に特異的な遺伝子群の異なる応答の意義を評価することによって,この方法を実証した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  暑熱ストレス ,  細胞構成体 ,  クラスタ ,  遺伝子発現 ,  正規分布 ,  生化学 ,  統計的方法
準シソーラス用語： 遺伝子クラスタ ,  遺伝子発現パターン ,  遺伝子機能 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 遺伝子発現 ,  統計的方法 ,  RNA-seq ,  ゲノミクス

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 遺伝子 ,  グループ ,  RNA ,  発現 ,  重要性 ,  評価 ,  仮説