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J-GLOBAL ID：201802216838766463   整理番号：18A2069560

次世代シークエンシングを用いたパキスタンにおけるC型肝炎ウイルスの遺伝的多様性【JST・京大機械翻訳】

Genetic diversity of Hepatitis C Virus in Pakistan using Next Generation Sequencing

著者 (10件)： Saleem Sana (Division of Molecular Virology and Molecular Centre of Excellence in Molecular Biology (CEMB), University of the Punjab, Lahore 87-West Canal Bank Road Thokar Niaz Baig, Lahore, Pakistan) ,  Ali Amjad (Molecular Virology laboratory, Centre for Applied Molecular Biology (CAMB) University of the Punjab, Lahore 87-West Canal Bank Road Thokar Niaz Baig, Lahore, Pakistan) ,  Khubaib Bushra (Division of Molecular Virology and Molecular Centre of Excellence in Molecular Biology (CEMB), University of the Punjab, Lahore 87-West Canal Bank Road Thokar Niaz Baig, Lahore, Pakistan) ,  Khubaib Bushra (Department of Biotechnology, Lahore College for Women University, Lahore, Pakistan) ,  Akram Madiha (Division of Molecular Virology and Molecular Centre of Excellence in Molecular Biology (CEMB), University of the Punjab, Lahore 87-West Canal Bank Road Thokar Niaz Baig, Lahore, Pakistan) ,  Akram Madiha (Department of Biotechnology, Lahore College for Women University, Lahore, Pakistan) ,  Fatima Zareen (Division of Molecular Virology and Molecular Centre of Excellence in Molecular Biology (CEMB), University of the Punjab, Lahore 87-West Canal Bank Road Thokar Niaz Baig, Lahore, Pakistan) ,  Fatima Zareen (Bioinformatics & Biotechnology, International Islamic University, Sector H-10, New Campus, Islamabad, Pakistan) ,  Idrees Muhammad (Division of Molecular Virology and Molecular Centre of Excellence in Molecular Biology (CEMB), University of the Punjab, Lahore 87-West Canal Bank Road Thokar Niaz Baig, Lahore, Pakistan) ,  Idrees Muhammad (Vice Chancellor Hazara University Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan)
資料名： Journal of Clinical Virology  (Journal of Clinical Virology)
巻： 108  ページ： 26-31  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3241A  ISSN： 1386-6532  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： パキスタンにおいて,HCV疾患は,この感染に罹患している約10~170万人の人々による主要な公衆衛生問題と考えられており,その割合はいかなる障害もなく毎日増加している。現在利用可能なピロシークエンシング法は,複雑なウイルスゲノムを分析するために使用され,それはマイナーな変異体を決定することができる。複雑なウイルス株におけるウイルス進化と準種多様性を理解することは重要である。Next世代配列決定(NGS)を用いてHCV患者における遺伝的多様性を評価し,遺伝子型3aのヌクレオチド多様性を他の遺伝子型に関して比較した。HCVの宿主内ウイルス多様性を,13の慢性HCV感染者からNGSを用いて測定した。HCV-3aの3つの異なる領域(E2(HVR1),NS3及びNS5B)のNGSはウイルス集団の包括的解析を可能にした。異なるHCV遺伝子の系統発生分析は,パキスタン個体群内で大きな変動性を明らかにした。HVR1,NS3およびNS5Bの平均ヌクレオチド多様性は,それぞれ0.029,0.011および0.010であった。著者らの知見は,系統発生および1段階ネットワーク分析を用いて,患者-2が同じ遺伝子型-3aの他の患者よりも準種不均一性が大きいことを明確に示している。これら3つの遺伝子の最初の系統発生分析は,遺伝子型3aサンプルがより大きな遺伝的多様性を持つことを示した。しかしながら,遺伝子型3aのヌクレオチド変異性が他の遺伝子型(1a,1b,2a&4a)と比較して有意差はなかった。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 公衆衛生 ,  *パキスタン・イスラム共和国 ,  系統発生 ,  生物多様性 ,  患者 ,  *C型肝炎ウイルス ,  遺伝子型 ,  個体群 ,  遺伝子
準シソーラス用語： 系統解析 ,  ヌクレオチド多様性 ,  ウイルス進化 ,  ウイルスゲノム ,  ピロシークエンス法 ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： HCV ,  3A ,  HVR1 ,  NS3 ,  NS5B ,  系統発生 ,  分析 ,  準種 ,  NGS

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (4件)： 次世代シークエンシング ,  パキスタン ,  C型肝炎ウイルス ,  遺伝的多様性