文献

J-GLOBAL ID：201802216876980703   整理番号：18A0780280

[岡田孝先生と西岡孝明先生の退職記念号:化学データサイエンス]部分環骨格(SRS)プロファイリングに基づくアルカロイド化合物の化学分類:化合物と代謝経路の関係の発見について

[Dedicated to Prof. T. Okada and Prof. T. Nishioka: data science in chemistry]Classification of Alkaloid Compounds Based on Subring Skeleton (SRS) Profiling: On Finding Relationship of Compounds with Metabolic Pathways

著者 (9件)： Eguchi Ryohei (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Ono Naoaki (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Horai Hisayuki (National Institute of Technology, Department of Industrial Engineering Ibaraki College) ,  Amin Md.Altuf-Ul (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Morita Hirai Aki (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Kawahara Jun (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Kasahara Shoji (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology) ,  Endo Tomoaki (National Institute of Technology, Department of General Engineering, Sendai College) ,  Kanaya Shigehiko (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology)
資料名： Journal of Computer Aided Chemistry (Web)  (Journal of Computer Aided Chemistry (Web))
巻： 18  ページ： 58-75(J-STAGE)  発行年： 2017年 
JST資料番号： U0067A  ISSN： 1345-8647  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アルカロイドの骨格核が生合成経路決定の主要な基準であるため,環骨格に基づくアルカロイド生合成経路の系統的な表し方が提案されている。そこで,環骨格の考え方を拡張して,環骨格に基づくアルカロイド化合物の分類に適用し,アルカロイド化合物を系統化し,モジュール要素に基づく生合成経路を予測するためのこのアプローチの性能を調べた。2546のSRSと478の経路既知アルカロイド化合物に対応する二次元バイナリマトリックスを構築した。ここで,もしi番目の部分骨格がターゲット化合物中に存在するならば,i番目の要素は1にセットされ,そうでなければ,i番目の要素は0に設定した。アルカロイド化合物と生合成経路との関係を,マトリックスへのWardクラスタ化法により生成されたに系統樹基づいて調べた。KNApSAcKコアデータベース(http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/top.html),に蓄積した12,243のアルカロイド化合物のうち,3,124化合物(25.5%)は経路既知環骨格(187の環骨格)に対応したが,残りの9119(74.5%)の化合物はそうではなかった。残りの化合物のサブリング骨格類似性を調べることにより,全てのアルカロイド化合物の経路情報とシステム化の手掛かりを得ることができる。したがって,本研究は,サブリング骨格プロファイリングに基づく,アルカロイド化合物の包括的な体系化およびアルカロイドにおける環骨格の構築原理に焦点を合わせた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *クラスタ分析 ,  *アルカロイド ,  代謝経路 ,  *生合成 ,  分類 ,  系統樹 ,  解析 ,  脂環式化合物 ,  *分子構造 ,  データ解析 ,  計算機利用 ,  生合成経路 ,  系統解析
準シソーラス用語： 系統樹解析 ,  計算機支援解析

著者キーワード (3件)： 骨格のプロファイリング ,  アルカロイド ,  クラスタ分析

分類 (1件)： アルカロイド  (CF10030D)

引用文献 (86件)：

• Kossel A On the chemical composition of the cell. Arch Physiol (1891) 181.
• R. A. Dixon, Nature 411 (2001) 843-847.
• J. D. Connolly, R.A. Hill, Dictionary of Terpenoids, Champman and Hall, London, (1991)
• J. Ziegler, P. J. Facchini, Annu. Rev. Plant Biol. 59 (2008) 735-769.
• F. M. Afendi, T. Okada, M. Yamazaki, A. H. Morita, Y. Nakamura, K. Nakamura, S. Ikeda, H. Takahashi, M. Altaf-Ul-Amin,, L. K. Darusman, K. Saito, S. Kanaya, Plant Cell Physiol. 53 (2012) e1.1-12

タイトルに関連する用語 (11件)： 先生 ,  退職 ,  化学 ,  データサイエンス ,  骨格 ,  SRS ,  プロファイリング ,  アルカロイド ,  化学分類 ,  代謝経路 ,  発見