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J-GLOBAL ID：201802217930440245   整理番号：18A1154636

リボソームオペロンのミニイオン配列決定による細菌群集のプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Profiling bacterial communities by MinION sequencing of ribosomal operons

著者 (4件)： Kerkhof Lee J. (Department of Marine and Coastal Sciences, Rutgers University, New Brunswick, USA) ,  Dillon Kevin P. (Department of Environmental Sciences, Rutgers University, New Brunswick, USA) ,  Haeggblom Max M. (Department of Biochemistry and Microbiology, Rutgers University, New Brunswick, USA) ,  McGuinness Lora R. (Department of Marine and Coastal Sciences, Rutgers University, New Brunswick, USA)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 5  号： 1  ページ： 116  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】複雑な自然コミュニティの細菌リボソームオペロンを迅速に配列するために,Oxfordナノ細孔ミニイオンの長い読出し能力を利用するアプローチを開発した。微生物フィンガープリント法は,ドメイン特異的順方向プライマー(16S rRNAサブユニット),逆プライマー(23S rRNAサブユニット),および高忠実度のTaqポリメラーゼを用いている。アンプリコンは,広範囲にわたる系統発生的帰属(配列の~3900bp)のためのリボソームサブユニットと,潜在的な株特異的同定のための遺伝子間スペーサー(ITS)領域(~300bp)を含んだ。【結果】アプローチをテストするために,細菌rRNAオペロン(~4200bp)を,既知濃度の農場土壌とバイオリアクタDNAの混合物を用いて,6つのDNAサンプルから増幅した。各DNA試料混合物は,ミニイオン系(R7.3フローセル;MAP005と006化学)を用いて,2つの別々の6時間運転において,4重項(n=24)で配列決定されたバーコード化された。ほぼ90,000のミニイオン読取から,約33,000の前方と逆のシーケンスが得られた。これは,NCBI Blastに基づく単純化されたデータ解析パイプラインとGeneousソフトウェアによる組立を用いて分析された10,000Dシーケンスを超えて得られた。この方法は,定量的な方法で試料セット中の1000以上の操作上の分類単位を検出することができた。種々のrRNAオペロンの全体的配列被覆率は1~1951xの範囲であった。Proteobacteria,Actinobacteria,Acidobacteria,Firmicutes,およびGemmatomonadesの間の30の操作分類単位(OTUs)のセットから>35X被覆率を持つこれらのrRNAオペロンを再構築するための反復組立スキームを開発した。各オペロンからの16S rRNAと23S rRNA遺伝子の系統発生分析は,種/菌株レベル分解能を持つ類似の樹木トポロジーを示した。結論:この配列決定法は,微生物群集をプロファイルするための費用対効果が高い方法である。ミニオンは小型で,携帯型で,ラップトップで走行するので,フィールドまたはロボットプラットフォームにおける微生物相特性化の可能性は現実的になる。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *オペロン ,  ソフトウェア ,  系統発生 ,  コミュニティ ,  マイクロバイオーム ,  キャラクタリゼーション ,  *細菌 ,  DNA【核酸】 ,  位相幾何学 ,  再構成 ,  バイオリアクタ ,  サブユニット ,  rRNA ,  アンプリコン ,  プロテオバクテリア門 ,  *微生物
準シソーラス用語： プロテオバクテリア , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 微生物 ,  リボソームオペロン ,  ミニイオン ,  種/歪レベルの分解能

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (37件)：

• Appl Environ Microbiol; Characterization of a Yellowstone hot spring microbial community by 5S rRNA sequences; DA Stahl, DJ Lane, GJ Olsen, NR Pace; 49; 1985; 1379-1384; CR1;
• Ann Rev Microbiol; Microbial ecology and evolution: a ribosomal RNA approach; GJ Olsen, DJ Lane, SJ Giovannoni, NR Pace, DA Stahl; 40; 1986; 337-365; 10.1146/annurev.mi.40.100186.002005; CR2;
• Appl Environ Microbiol; Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA; G Muyzer, EC Waal, AG Uitterlinden; 59; 1993; 695-700; CR3;
• BioTechniques; A molecular technique for identification of bacteria using small subunit ribosomal RNA sequences; E Avaniss-Aghajani, K Jones, D Chapman, C Brunk; 17; 1994; 144-146; CR4;
• J Clin Microbiol; Molecular identification of bacteria by fluorescence-based PCR-single-strand conformation polymorphism analysis of the 16S rRNA gene; MN Widjojoatmodljo, ADC Fluit, J Verhoer; 33; 1995; 2601-2606; CR5;

タイトルに関連する用語 (3件)： イオン ,  細菌群集 ,  プロファイリング