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J-GLOBAL ID：201802218230825903   整理番号：18A0724629

転写開始時のDNA鎖分離における主要塩基の蛋白質支援フリップを前処理する増強された塩基性動力学【JST・京大機械翻訳】

Enhanced basepair dynamics pre-disposes protein-assisted flips of key bases in DNA strand separation during transcription initiation

著者 (9件)： Roy Neeladri Sekhar (Division of Structural Biology and Bioinformatics, CSIR-Indian Institute of Chemical Biology, 4, Raja S.C.Mullick Road, Kolkata 700032, India) ,  Debnath Subrata ,  Chakraborty Abhijit ,  Chakraborty Prasenjit ,  Bera Indrani ,  Ghosh Raka ,  Ghoshal Nanda ,  Chakrabarti Saikat ,  Roy Siddhartha
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 20  号： 14  ページ： 9449-9459  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 二本鎖DNAの鎖の局在化分離は,転写と複製を含む多くのDNA依存性過程において必要な段階である。これらの鎖分離がどのように起こるかはほとんど知られていない。鎖分離大腸菌RNAポリメラーゼ-プロモーターオープン複合体構造は,非鋳型鎖の4塩基を示し,マスター塩基-11A,-7,-6及び+2はフリップ状態にあり,蛋白質ポケットに挿入された。二本鎖状態におけるこれらの塩基のいかなる性質がそれらをフリップするのかを調べるために,二重状態における野生型プロモーターについてNMR研究を行った。緩和時間の測定は,フリップしたものを含む限定された数の塩基対が残りよりも速い開口速度を有することを示した。分子動力学研究により,野生型鎖対状態における-11A:T塩基対の本質的に高い動的特性も示した。フリッピング過程におけるRNAポリメラーゼの役割を調べるために,蛍光プローブとして2-アミノプリンを用いた。2-アミノプリン蛍光の増加のより遅い動力学が,いくつかの変異体σ~70を含むRNAポリメラーゼで観察された。これは,フリッピング速度の増強において重要な役割を果たしている蛋白質と解釈される可能性がある。これらの結果は,開複合体で観察された-11Aのフリップとおそらく他のフリップ塩基が,蛋白質からの更なる支援により開放される固有の過程により促進されることを示唆し,その結果,strand-open状態に導く。鎖分離を必要とする他のDNAに基づくプロセスは,鎖分離に類似した経路を用いる可能性がある。著者らは,基底対安定性だけでなく,動力学もストリング分離において重要な役割を果たすかもしれないと結論した。Copyright 2018 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *塩基性 ,  野生型 ,  *DNA【核酸】 ,  RNAポリメラーゼ ,  塩基対 ,  プロモーター領域 ,  複合体 ,  蛍光 ,  大腸菌 ,  緩和時間 ,  NMR【磁気共鳴】 ,  分子動力学
準シソーラス用語： 蛍光プローブ ,  二本鎖DNA , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (9件)： 転写開始 ,  DNA ,  塩基 ,  蛋白質 ,  支援 ,  前処理 ,  増強 ,  塩基性 ,  動力学