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J-GLOBAL ID：201802219462106778   整理番号：18A0926345

Salmonella Typhi TolC蛋白質に対するde novo scFv設計のための分子動力学シミュレーションとホットスポット残基グラフト化の統合【JST・京大機械翻訳】

Integration of molecular dynamics simulation and hotspot residues grafting for de novo scFv design against Salmonella Typhi TolC protein

著者 (4件)： Leong Siew Wen (Institute for Research in Molecular Medicine (INFORMM), Universiti Sains Malaysia, Minden, Penang, Malaysia) ,  Lim Theam Soon (Institute for Research in Molecular Medicine (INFORMM), Universiti Sains Malaysia, Minden, Penang, Malaysia) ,  Ismail Asma (Institute for Research in Molecular Medicine (INFORMM), Universiti Sains Malaysia, Health Campus, Kubang Kerian, Kelantan, Malaysia) ,  Choong Yee Siew (Institute for Research in Molecular Medicine (INFORMM), Universiti Sains Malaysia, Minden, Penang, Malaysia)
資料名： Journal of Molecular Recognition  (Journal of Molecular Recognition)
巻： 31  号： 5  ページ： e2695  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0818A  ISSN： 0952-3499  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 非関連足場からの蛋白質標的に対するde novo結合剤の開発により,治療および診断のための多くの可能性が生み出されている。本研究において,Salmonella enterica亜種enterica serovar Typhi TolC蛋白質に対する単一鎖フラグメント変数(scFv)を作成するためのde novo設計アプローチの使用について述べた。腸id熱は発展途上国と先進国における世界的な健康懸念である。迅速な腸typho診断は,疾患管理と治療を改善する。本研究では,分子動力学シミュレーションを,最初にPOPE膜二分子層におけるTolC蛋白質の相同性モデルについて行い,scFv設計の標的として用いた中心構造を得た。標的に結合剤を固定することができる潜在的なホットスポット残基を,TolC表面に対するドッキング「dise死」アミノ酸残基により同定した。次に,scFv足場を蛋白質データバンクから選択し,計算したホットスポット残基を保持した。次に,ホットスポット残基をscFv足場相補性決定領域に組み込んだ。設計は,結合エネルギー,形状相補性,および天然蛋白質-抗体界面の界面表面積を再現した。このアプローチにより,TolCに対する高い結合親和性を有する5つの設計が得られ,それは,腸id診断のための抗原に基づく検出剤の将来の開発に有益である可能性がある。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相同性 ,  *計算機シミュレーション ,  *タンパク質 ,  *ホットスポット ,  *サルモネラ属 ,  二分子層 ,  抗体 ,  相補性 ,  アミノ酸残基 ,  界面 ,  抗原
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  *残基 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *scFv ,  *TolC , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： de novo scFv設計 ,  ホットスポット残渣のグラフト化 ,  分子動力学シミュレーション ,  Salmonella enterica Ser Typhi TolC蛋白質

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  抗原・抗体・補体の生化学  (ED04020L)

タイトルに関連する用語 (9件)： Salmonella ,  TolC蛋白質 ,  scFv ,  設計 ,  分子動力学シミュレーション ,  ホットスポット ,  残基 ,  グラフト ,  統合