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J-GLOBAL ID：201802220376284040   整理番号：18A0344481

動物プランクトン群集を評価するための形態学的および次世代DNA配列決定法の比較【Powered by NICT】

Comparison of morphological and next generation DNA sequencing methods for assessing zooplankton assemblages

著者 (5件)： Harvey Julio B.J. (Monterey Bay Aquarium Research Institute, 7700 Sandholdt Road, Moss Landing, CA 95039, USA) ,  Johnson Shannon B. (Monterey Bay Aquarium Research Institute, 7700 Sandholdt Road, Moss Landing, CA 95039, USA) ,  Fisher Jennifer L. (Cooperative Institute for Marine Resources Studies, 2030 SE Marine Science Drive, Newport, OR 97365, USA) ,  Peterson William T. (National Oceanic and Atmospheric Administration, Northwest Fisheries Science Center, 2725 Montlake Boulevard East, Seattle, WA 98112, USA) ,  Vrijenhoek Robert C. (Monterey Bay Aquarium Research Institute, 7700 Sandholdt Road, Moss Landing, CA 95039, USA)
資料名： Journal of Experimental Marine Biology and Ecology  (Journal of Experimental Marine Biology and Ecology)
巻： 487  ページ： 113-126  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0533A  ISSN： 0022-0981  CODEN： JEMBAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 形態学的分類学的方法は,現在,自然保護や資源管理努力を支持するのに必要な分類学的情報で迅速な試料ターンオーバーの需要増加を満たすには不十分である。次世代DNAシークエンシング(NGS)は,環境試料中に存在する生物の広範な多様性のための分類学的評価を急速生成することができた。類似幅の分類学的被覆率を達成するために,分類群により特化する傾向がある多発morphologistsが必要である。残念なことに,形態学的および分子法が,様々な方法論的バイアスを受ける。海洋動物プランクトン群集の正確な評価(分類学的組成と豊度)は効果的な生態系保全と資源管理努力の重要な成分である。この必要性に対処し,方法間の一致の程度を決定するために,北部カリフォルニア,Monterey湾のプランクトンネット牽引で採集した動物プランクトン群集に対する454NGS結果と比較した形態学的データ。結果はデータセット間の一致の地域を示しているが,各方法に特異的なバイアスを特性化した。形態学的解析は多くの動物プランクトン分類群の生活史段階とバイオマス情報を提供した。NGSデータは核リボソームRNA(28S; 1669 OTUs)の大サブユニットの5′末端からのミトコンドリアチトクロームcオキシダーゼサブユニットI(COI; 3234 OTUs)領域と365bpの3′末端から313bpを含んでいた。NGS解析の結果は,4061形態学的に同定された属及び種の存在を確認した。一部の生物に対して,形態学的データや知識が限定されたNGSは,より微細な分類学的分解能を提供した。バイオマスとNGS%配列豊度の間の相関は,いくつかの有意であり,すべての分類群ではなく,いくつかのケース(すなわち,COI Diplostraca,多毛類,Callianassidae,Clausocalanidae,Oncaeidae,Podonidae,Evadne,Neotrypaea,Oncaea,Podon,Pseudocalanus;28Sオキアミ,Euphausiidae,Oncaeidae,Oncaea)における遺伝子特異的であった。様々な方法論的バイアスにもかかわらず,両データセットは四の標本抽出ステーションで採集した動物プランクトン群集に対する生成アルファ多様性指数に関して一致した。これらの結果は,形態学的および分子的方法の間の協力は強力なツール,適切に使用した場合,現在のニーズによりよく取組むへの分類学的評価能力を拡張できることを表すことを示唆する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 分解能 ,  バイアス ,  サブユニット ,  カリフォルニア州 ,  *モルフォロジー ,  *動物プランクトン ,  ミトコンドリア ,  自然保護 ,  遺伝子 ,  バイオマス ,  海洋動物 ,  キャラクタリゼーション ,  *プランクトン
準シソーラス用語： 分類群 ,  分類学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 動物プランクトン ,  分類学 ,  Morphology ,  次世代DNA配列決定 ,  COI28S

分類 (1件)： 個体群生態学  (EE03030S)

タイトルに関連する用語 (7件)： 動物 ,  プランクトン ,  群集 ,  評価 ,  形態学 ,  次世代 ,  DNA配列