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J-GLOBAL ID：201802221236853573   整理番号：18A0819535

分解および混合試料の超並列配列決定のための核SNPマーカーの標的捕捉濃縮【JST・京大機械翻訳】

Target capture enrichment of nuclear SNP markers for massively parallel sequencing of degraded and mixed samples

著者 (9件)： Bose Nikhil (Children’s Hospital Oakland Research Institute, 5700 Martin Luther King Jr. Way, Oakland, CA 94609, United States) ,  Bose Nikhil (University of California, Davis, Forensic Science Graduate Program, 1909 Galileo Ct. Ste. B, Davis CA 95618, United States) ,  Carlberg Katie (Children’s Hospital Oakland Research Institute, 5700 Martin Luther King Jr. Way, Oakland, CA 94609, United States) ,  Carlberg Katie (UCSF Benioff Children’s Hospital Oakland, Hematology/Oncology Department 747 52nd St, Oakland, CA 94609, United States) ,  Sensabaugh George (University of California, Davis, Forensic Science Graduate Program, 1909 Galileo Ct. Ste. B, Davis CA 95618, United States) ,  Sensabaugh George (University of California, Berkeley, School of Public Health, Berkeley, CA 94720, United States) ,  Erlich Henry (Children’s Hospital Oakland Research Institute, 5700 Martin Luther King Jr. Way, Oakland, CA 94609, United States) ,  Calloway Cassandra (Children’s Hospital Oakland Research Institute, 5700 Martin Luther King Jr. Way, Oakland, CA 94609, United States) ,  Calloway Cassandra (University of California, Davis, Forensic Science Graduate Program, 1909 Galileo Ct. Ste. B, Davis CA 95618, United States)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 34  ページ： 186-196  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物学的法医学試料からのDNAは高度に断片化され,限られた量で存在する。DNAが高度に断片化されているとき,従来のPCRに基づくShortタンデム反復(STR)分析は,プライマー結合部位が単一鋳型分子上に存在しない可能性があるので失敗する可能性がある。単一ヌクレオチド多型(SNP)は,標的化された変異が単一塩基であるため,分解試料の分析のための遺伝子マーカーの代替型として役立つことができる。しかしながら,従来のPCRに基づくSNP分析法は,標的増幅のための完全なプライマー結合部位を必要とする。最近,標的化濃縮のためのプローブ捕獲法は,次世代配列決定(NGS)技術を用いて,古代骨試料からDNAと同様に分解DNAの回収に成功したことを示した。本研究の目的は,混合物と同様に分解および限られたDNA試料のクローンおよび超並列配列決定(MPS)のための,プローブ捕獲分析を標的とするプローブ捕獲アッセイを設計し,試験することであった。451個の核SNP(375個のSNPと36個のマイクロハプロタイプマーカー)を集計する411個の多型マーカーのセットを,カスタムプローブ捕獲パネルのために選択した。SNPマーカーは,ヒトの個々の同定,キンシップ,および系統分析を含む広範囲の方法論的応用,ならびに混合物分析のために選択された。カスタムSNPプローブ捕捉NGSアッセイの性能を,25ngの入力DNAにおいて15試料を横切る読み取り深さとヘテロ接合体対立遺伝子バランスを分析することにより特性化した。性能閾値は,読取深さ≧500Xとヘテロ接合体対立遺伝子バランスに基づいて,50:50から±10%偏差以内で確立され,451のSNPのうち426で観察された。これら426SNPをサイズ選択試料(≦75bp,≦100bp,≦150bp,≦200bp,≦250bp)で分析し,モック分解試料は平均150bpに断片化した。≦75bpで選択された試料は,変化したDNA量と0.5ngの低い範囲で99~100%の報告可能なSNPを示した。1ngと10ngでのモック分解試料は>90%のレポーターSNPを示した。最後に,2人の男性-男性混合物を10ngの寄与率で試験した。全体として,小さな寄与者に特有の対立遺伝子の85~100%がすべての混合比で観察された。SNPプローブ捕捉NGSシステムを用いたこれらの研究からの結果は,方法論的に関連した分解及び混合DNA試料への応用に対する概念証明を実証した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 法医学 ,  一塩基多型 ,  キャラクタリゼーション ,  DNA【核酸】 ,  ヒト ,  プローブ ,  対立遺伝子 ,  男性 ,  結合部位 ,  ターゲティング ,  クローン ,  *捕獲 ,  *超並列処理
準シソーラス用語： 遺伝子マーカ ,  *SNPマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 一塩基多型(SNP) ,  DNAプローブ捕捉標的濃縮 ,  超並列シークエンシング(MPS) ,  次世代シークエンシング(NGS) ,  分解DNA

分類 (2件)： 生化学的分析法  (EA03030G) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分解 ,  混合試料 ,  核 ,  SNPマーカー ,  標的 ,  捕捉 ,  濃縮