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J-GLOBAL ID：201802221409153215   整理番号：18A1031119

PyViko:重複遺伝子を持つ複合ウイルスにおける遺伝子ノックアウトを設計するための自動化pythonツール【JST・京大機械翻訳】

Pyviko: an automated Python tool to design gene knockouts in complex viruses with overlapping genes

著者 (3件)： Taylor Louis J. (Viral Biochemistry Section, Laboratory of Molecular Microbiology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Taylor Louis J. (Cell and Molecular Biology Graduate Group, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania Philadelphia, Pennsylvania, USA) ,  Strebel Klaus (Viral Biochemistry Section, Laboratory of Molecular Microbiology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, USA)
資料名： BMC Microbiology (Web)  (BMC Microbiology (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 12  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7367A  ISSN： 1471-2180  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】遺伝子ノックアウトは,様々な生物における遺伝子機能を研究するために用いられる一般的ツールである。しかしながら,遺伝子ノックアウトの設計はウイルスにおいて複雑であり,しばしば複数の重複遺伝子をコードする配列を含んでいる。既存の制限部位の新しいまたは除去の創出によって追跡できる突然変異体の設計は,重複遺伝子のノックアウトの実験的設計における困難性をさらに複雑にする。ソフトウェアは与えられたヌクレオチド配列における制限部位を迅速に同定するために利用可能であるが,既存のソフトウェアは遺伝子ノックアウトの発生における複数の重複するアミノ酸配列を含む突然変異の実験計画を扱わない。【結果】Pyvikoは,生物工学情報ヌクレオチドデータベースのために国立センターで堆積したウイルスゲノムから集めた240,000以上の遺伝子対の試験セットにおいて良好に機能し,試験したすべての遺伝子過剰印刷遺伝子対の93.2%において標的遺伝子の最初の20コドン内に早期終止コドンを加えた点突然変異を同定した。これは,Pyvikoが,ウイルス過剰印刷遺伝子の分子クローニングと研究を容易にするために,広範囲の状況で成功裏に使用できることを示している。結論:Pyvikoは,重複遺伝子のノックアウトを設計するための拡張可能で直感的なPythonツールである。PythonパッケージとWebベースのインタフェイス(http://loueijaylor.github.io/pyVIKO/)の両方として自由に利用できる,Pyvikoは重複する遺伝子を持つ複雑なウイルスにおける遺伝子ノックアウトの実験計画を単純化する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *型ばらし ,  遺伝子クローニング ,  突然変異 ,  *自動化 ,  アミノ酸配列 ,  バイオテクノロジー ,  ソフトウェア ,  点突然変異 ,  *遺伝子 ,  *ウイルス ,  Web【情報システム】 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  Python ,  *オーバーラップ遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： ウイルス ,  ノックアウトマウス ,  突然変異 ,  オーバープリンティング ,  バイオインフォマティクス ,  クローニング ,  ウイルス変異体 ,  ノックアウト ,  PyViko

分類 (3件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (24件)：

• Crick FH, Barnett L, Brenner S, Watts-Tobin RJ. General nature of the genetic code for proteins. Nature. 1961; doi:10.1038/1921227a0.
• Mori H, Baba T, Yokoyama K, Takeuchi R, Nomura W, Makishi K, Otsuka Y, Dose H, Wanner BL. Identification of Essential Genes and Synthetic Lethal Gene Combinations in Escherichia coli K-12. Gene Essentiality. 2015; doi:10.1007/978-1-4939-2398-4.
• Sauer B. Inducible gene targeting in mice using the Cre/lox system. Methods. 1998; doi:10.1006/meth.1998.0593.
• Ran FA, Hsu PPD, Wright J, Agarwala V, Scott DA, Zhang F. Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system. Nat Protoc. 2013; doi:10.1038/nprot.2013.143.
• Pavesi A, Magiorkinis G, Karlin DG. Viral Proteins Originated De Novo by Overprinting Can Be Identified by Codon Usage: Application to the “Gene Nursery” of Deltaretroviruses. PLoS Comput Biol. 2013; doi:10.1371/journal.pcbi.1003162.

タイトルに関連する用語 (7件)： 重複遺伝子 ,  ウイルス ,  遺伝子ノックアウト ,  設計 ,  自動化 ,  Python ,  ツール