文献

J-GLOBAL ID：201802221489434771   整理番号：18A0965827

長く短いReadsとのハイブリッド集合は遺伝子ファミリー拡張の発見を改善する【JST・京大機械翻訳】

Hybrid assembly with long and short reads improves discovery of gene family expansions

著者 (19件)： Miller Jason R. (J. Craig Venter Institute, Rockville, USA) ,  Zhou Peng (Department of Plant Biology, University of Minnesota, Saint Paul, USA) ,  Mudge Joann (National Center for Genome Resources, Santa Fe, USA) ,  Gurtowski James (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring, USA) ,  Lee Hayan (Stanford School of Medicine, Stanford, USA) ,  Ramaraj Thiruvarangan (National Center for Genome Resources, Santa Fe, USA) ,  Walenz Brian P. (National Human Genome Research Institute, Bethesda, USA) ,  Liu Junqi (Department of Agronomy and Plant Genetics, University of Minnesota, St. Paul, USA) ,  Stupar Robert M. (Department of Agronomy and Plant Genetics, University of Minnesota, St. Paul, USA) ,  Denny Roxanne (Department of Plant Pathology, University of Minnesota, St. Paul, USA) ,  Song Li (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Singh Namrata (School of Integrative Plant Sciences, Plant Breeding and Genetics section, Cornell University, Ithaca, USA) ,  Maron Lyza G. (School of Integrative Plant Sciences, Plant Breeding and Genetics section, Cornell University, Ithaca, USA) ,  McCouch Susan R. (School of Integrative Plant Sciences, Plant Breeding and Genetics section, Cornell University, Ithaca, USA) ,  McCombie W. Richard (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring, USA) ,  Schatz Michael C. (Departments of Computer Science and Biology, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Tiffin Peter (Department of Plant Biology, University of Minnesota, Saint Paul, USA) ,  Young Nevin D. (Department of Plant Biology, University of Minnesota, Saint Paul, USA) ,  Silverstein Kevin A. T. (Minnesota Supercomputing Institute, University of Minnesota, Minneapolis, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 541  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:長い読み取りと短い読み取り配列技術は,真核生物ゲノム配列決定プロジェクトに対して競合する利点を提供する。両者の組合せは種内ゲノム変動の調査に適している可能性がある。【方法】著者らは,20Xの長い読出し範囲と約50Xの短い挿入と50Xの長い挿入の短い読出し範囲に関して操作することができる「アルパカ」と呼ぶハイブリッド組立パイプラインを開発した。タンデム反復の崩壊を排除するために,アルパカは,コンティグ形成のための基礎的に修正された長いリードに依存している。結果:2つの他の集合プロトコルと比較して,Alpacaはイネゲノム上で最も標準的な一致と反復捕捉を示し,モデルマメ科Medicago truncatulaの3つの系統において,アルパカはサンプリング個体群のde novo集合体内の構造とコピー数変化を調べるための有用なツールであることを示唆した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ウマゴヤシ属 ,  個体群 ,  マメ科 ,  捕獲 ,  *ゲノム ,  コピー数 ,  真核生物 ,  プロトコル
準シソーラス用語： Medicago truncatula ,  コンティグ ,  縦列反復配列 ,  アルパカ ,  読出し ,  ゲノム配列 ,  *遺伝子ファミリー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ゲノム構築 ,  ハイブリッド組立パイプライン ,  タンデム反復 ,  Medicago truncatula

分類 (2件)： 家畜の飼養一般  (FD02010N) ,  動物の診療・診療設備  (FE01020U)

引用文献 (52件)：

• Brief Funct Genomics; Structural variations in plant genomes; RK Saxena, D Edwards, RK Varshney; 13; 4; 2014; 296-307; 10.1093/bfgp/elu016; CR1;
• Trends Genet; Tandem and segmental gene duplication and recombination in the evolution of plant disease resistance gene; D Leister; 20; 3; 2004; 116-122; 10.1016/j.tig.2004.01.007; CR2;
• Genome Biol Evol; Copy number variation shapes genome diversity in Arabidopsis over immediate family generational scales; S DeBolt; 2; 2010; 441-453; 10.1093/gbe/evq033; CR3;
• BMC Plant Biol; The roles of segmental and tandem gene duplication in the evolution of large gene families in Arabidopsis thaliana; SB Cannon; 4; 2004; 10; 10.1186/1471-2229-4-10; CR4;
• New Phytol; Gene duplication and evolutionary novelty in plants; LE Flagel, JF Wendel; 183; 3; 2009; 557-564; 10.1111/j.1469-8137.2009.02923.x; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： 集合 ,  遺伝子ファミリー ,  拡張 ,  発見