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J-GLOBAL ID：201802221778530913   整理番号：18A1801215

Staphylococcus lugdunensisにおけるイソプレノイド生合成経路の標的化:従来型およびアロステリック部位の比較ドッキングおよびシミュレーション研究【JST・京大機械翻訳】

Targeting isoprenoid biosynthesis pathway in Staphylococcus lugdunensis: Comparative docking and simulation studies of conventional and allosteric sites

著者 (5件)： Parvaiz Nousheen (Computational Biology Lab, National Center for Bioinformatics, Quaid-i-Azam University, Islamabad 45320, Pakistan) ,  Abbasi Sumra Wajid (Computational Biology Lab, National Center for Bioinformatics, Quaid-i-Azam University, Islamabad 45320, Pakistan) ,  Abbasi Sumra Wajid (Multidisciplinary Department, National University of Medical Sciences, The Mall Road, Rawalpindi Pakistan) ,  Uddin Reaz (Dr. Panjwani Center for Molecular Medicine and Drug Research, University of Karachi, Karachi, Pakistan) ,  Azam Syed Sikander (Computational Biology Lab, National Center for Bioinformatics, Quaid-i-Azam University, Islamabad 45320, Pakistan)
資料名： Journal of Molecular Liquids  (Journal of Molecular Liquids)
巻： 269  ページ： 426-440  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0924A  ISSN： 0167-7322  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究は,生命代謝経路に関与する潜在的な治療標的蛋白質を同定し,阻害するためのin silicoサブトラクゲノミクス法,分子ドッキング及び分子動力学(MD)シミュレーション研究の使用を確立し,従ってヒト病原体Staphylococcus lugdunensisの生存に重要である。細胞の局在化と機能的アノテーションに基づくすべての薬剤性標的蛋白質のフィルタリングは,ファルネシル二リン酸シンターゼ(Fds)の選択をもたらした。FDSはイソプレノイド生合成経路に関与する重要な酵素である。蛋白質の相同性モデルをMODELLERと他のウェブベースのサーバを介して生成した。比較分析に基づいて選択した最も信頼できる蛋白質モデルを,374化合物の全ライブラリーを用いて行った分子ドッキング研究の入力として用いた。阻害剤結合能を評価するために,従来およびアロステリック結合部位の両方を調べた。研究された化合物の中で,非ビスホスホン酸ビスアミジン,化合物160(GOLD Score79.8)および化合物193(GOLD Score87.84)が,それぞれ,正常およびアロステリック結合ポケットに対するトップスコアリング化合物であった。配位子結合により誘起される構造的及び立体配座変化への洞察を得るために,MDシミュレーションをさらに両錯体の動的挙動を調べるために適用した。MDシミュレーション結果は,アロステリック結合ポケットが,従来の結合ポケットと比較して,わずかにコンパクトで安定であることを明らかにした。従来およびアロステリック結合ポケットにおける水素結合パターンの再配列を伴う結合部位アミノ酸残基において,かなりの側鎖運動を含む有意な立体配座変化が観察された。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 計算機シミュレーション ,  配座転移 ,  *ターゲティング ,  水素結合 ,  結合部位 ,  タンパク質 ,  ヒト ,  分子動力学 ,  *ドッキング ,  代謝経路 ,  酵素 ,  アミノ酸残基
準シソーラス用語： 阻害剤 ,  分子ドッキング ,  in silico ,  *Staphylococcus lugdunensis , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： メバロン酸経路 ,  ファルネシル二りん酸シンターゼ ,  ビスホスホナート ,  ピロりん酸イソペンテニル

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W)

タイトルに関連する用語 (8件)： Staphylococcus ,  イソプレノイド ,  生合成経路 ,  標的化 ,  アロステリック部位 ,  ドッキング ,  シミュレーション ,  研究