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J-GLOBAL ID：201802221974553876   整理番号：18A1439150

Lycopodastrum Casuarinoidesトランスクリプトームの分析は,リコジン型アルカロイド生合成遺伝子と遺伝的マーカーを発見する【JST・京大機械翻訳】

Analysis of lycopodiastrum casuarinoides transcriptome discovers lycodine-type alkaloid biosynthetic genes and genetic markers

資料名： Zhongguo Yaolixue yu Dulixue Zazhi  (Zhongguo Yaolixue yu Dulixue Zazhi)
巻： 32  号： 4  ページ： 274-275  発行年： 2018年 
JST資料番号： C2292A  ISSN： 1000-3002  CODEN： ZYYZEW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】生物活性なリコジン型アルカローイド生合成経路による基本的なacquaを容易にするために,著者らは,L.casuarinoidesのトランスクリプトーム解析を,照射配列決定によって行った。【方法】L.casuarinoidesの植物を収集し,RNA分離,cDNAライブラリー構築,および生物情報学分析の前に照射を行った。配列決定の後,クリーンな読み取りは,Trinityソフトウェアを使用することによってde novo組立のために得て,次に,単一遺伝子を作り出すためにTGICL配列化クラスタ化ソフトウェアによってさらに処理した。単一遺伝子は,6つの公開蛋白質データベースにBlast Xアラインメントによって整列した。加えて,全ての単一遺伝子はGO,KEGGにより機能的に注釈され,リコポジウムアルカロイド生合成に関与する推定遺伝子を特性化した。【結果】全部で124,524の高品質の単一遺伝子が,601bpの平均配列長で得られた。L. casuarinoides転写物の中で,61,304は,公共データベースにおいて既知の蛋白質に対して有意な類似性(E値<1e-5)を示した。合計124524の単一遺伝子の中で,47,538のオープンリーディングフレーム(ORF)が予測された。生物情報学分析に基づいて,L.casuarinoidesのリジン型アルカロイド生合成経路に関与する全ての可能な酵素を同定した。一次アミンオキシダーゼ(PAO)とMalonly-CoAデカルボキシラーゼを含む。さらに,全部で64の推定チトクロームP450(CYP450)と827の転写因子をLycocine型アルカローイド修飾剤の候補として選択した。さらに,全部で13352個の単純配列反復(SSR)を124個の524個の単一遺伝子から同定し,その中でジヌクレオチドモチーフAG/CT(50.1%)が最も豊富であった。【結論】L.casuarinoidesのこのトランスクリプトーム解析は,新規二次代謝産物の生合成に関与する多くの価値ある候補遺伝子を提供するが,L.casuarinoidesにおけるSSRマーカーによる遺伝的多様性分析の基礎を築く。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *トランスクリプトーム ,  *アルカロイド ,  キャラクタリゼーション ,  RNA【核酸】 ,  ソフトウェア ,  データベース ,  *生合成 ,  転写因子 ,  クラスタ化
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  オープンリーディングフレーム ,  バイオインフォマティクス ,  生合成経路 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Lycpodiastrum casuarinoides ,  transcriptome ,  lycodine-type alkaloids ,  simple sequence repeat(SSR)

分類 (4件)： 神経の基礎医学  (GN01020W) ,  薬理学一般  (GW01000B) ,  代謝異常・栄養性疾患一般  (GD05010J) ,  毒性学一般  (GZ01000K)

物質索引 (1件)： リコジン

タイトルに関連する用語 (7件)： トランスクリプトーム ,  分析 ,  リコジン ,  アルカロイド ,  生合成遺伝子 ,  遺伝的マーカー ,  発見