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J-GLOBAL ID：201802222604134099   整理番号：18A1838666

ハイスループットシーケンシングデータに基づく迅速ウイルス種分析ツール【JST・京大機械翻訳】

Tool for rapid virus species analysis based on high-throughput sequencing data

著者 (4件)： Su Yanan (軍事科学院軍事医学研究院輻射医学研究所,北京,100850) ,  Li Fei (軍事科学院軍事医学研究院輻射医学研究所,北京,100850) ,  Bo Xiaochen (軍事科学院軍事医学研究院輻射医学研究所,北京,100850) ,  Ni Ming (軍事科学院軍事医学研究院輻射医学研究所,北京,100850)
資料名： Junshi Yixue  (Junshi Yixue)
巻： 42  号： 3  ページ： 220-226  発行年： 2018年 
JST資料番号： C2949A  ISSN： 1674-9960  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的:ハイスループットシークエンシング技術に基づき、軽量、使いやすい快速ウイルス鑑定ツールを開発する。方法:局所化したウイルス核酸配列データベースを構築し、大型公共データベース中のウイルス核酸配列に対して、同源性による脱冗長などの処理を行った。このデータベースに基づいて、自動化したデータベースのアラインメント、denovoスプライシングと再比較のバイオインフォマティクスプロセスを実現し、データ中のウイルスの情報を解読する。Djangoフレームワークを用いて、データベース、フローと結果をカプセル化し、中国語の操作界面を用いて、一結合の結果を取って、図表の形式でブラウザ端でウィルスの分析結果を展示した。結果:このツールは普通のパーソナルコンピュータに実装できる。5例のアデノウイルス非培養サンプル高スループット配列データ(1.78Gbp)と5例のエボラウイルス非培養サンプルデータ(0.93Gbp)を用いてテストを行い、それぞれ2.9と67.9minに全分析フローを完成し、そして、正確的に戻った。読みやすいウイルス種の分析結果。結論:このツールの配置は便利で、操作が簡単であり、迅速にウイルス種レベルの鑑定を実現でき、生物安全事件の迅速応答に適用でき、ウイルス病原体のさらなる検証と研究に根拠と参考を提供する。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 培養 ,  安全性 ,  ブラウザ ,  アラインメント ,  アデノウイルス科 ,  冗長性 ,  *データベース ,  自動化 ,  パーソナルコンピュータ ,  ヌクレオチド配列 ,  界面
準シソーラス用語： エボラウイルス ,  バイオインフォマティクス ,  局在化 ,  鑑定 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (2件)： ウイルス ,  分析ツール