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J-GLOBAL ID：201802222918556549   整理番号：18A0324182

WExploreによって明らかにされた多重配位子解離経路とリガンド誘導不安定化【Powered by NICT】

Multiple Ligand Unbinding Pathways and Ligand-Induced Destabilization Revealed by WExplore

著者 (3件)： Dickson Alex (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan) ,  Dickson Alex (Department of Computational Mathematics, Science, and Engineering, Michigan State University, East Lansing, Michigan) ,  Lotz Samuel D. (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan)
資料名： Biophysical Journal  (Biophysical Journal)
巻： 112  号： 4  ページ： 620-629  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0298A  ISSN： 0006-3495  CODEN： BIOJAU  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： トリプシンベンズアミジン系のための全配位子出口経路のシミュレーション,サンプリング技術WExploreを用いて発生させたを報告した。WExploreであるバイアス力を導入することなく実行する多くのナノ秒スケールのトラジェクトリーを用いたミリ秒スケール非結合事象を観測することができた。アルゴリズムは座標空間を分割する領域,オンザフライ,クローニングと合体段階を経て領域の間の計算努力を均衡させることにより稀な事象を発生させ,重み付きアンサンブル法である。平均出口フラックスは180μsのリガンド出口速度であり,それは実験値の大きさのオーダ内であるが得られた。配位子出口経路の広範なサンプリングを得ると,立体配座空間ネットワークを用いた著者らの知見を可視化した。解析は三つの異なる出口チャネル,そのうちの二個はトリプシンにおけるループ領域の大きな,稀な運動により形成されるを示した。広範なリガンド結合姿勢の配位子結合の一般的性質を調べるために使用している:我々は配位子により誘導される配位子-蛋白質相互作用の直接安定化効果と蛋白質内相互作用に間接的な不安定化効果の両方を観測した。重要なことに,それらの配位子は大きな安定化効果を誘起するためだけでなく,それらは,比較的低い間接的不安定性を誘起するものではない結晶学的結合様式を識別した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： タンパク質 ,  相互作用 ,  トラジェクトリー ,  アルゴリズム ,  ナノ秒 ,  ネットワーク ,  立体配座 ,  可視化 ,  *安定化作用 ,  トリプシン ,  不安定性
準シソーラス用語： 蛋白質間相互作用 ,  リガンド結合 ,  アンサンブル法 ,  *不安定化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 多重 ,  配位子 ,  解離 ,  経路 ,  リガンド ,  誘導 ,  不安定化