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J-GLOBAL ID：201802223073423497   整理番号：18A0338987

次世代シークエンシングを用いた熱帯河口環境の表層堆積物の微生物群集構造【Powered by NICT】

Microbial community structure of surface sediments from a tropical estuarine environment using next generation sequencing

著者 (4件)： Khandeparker Lidita (CSIR-National Institute of Oceanography, Dona Paula, Goa, 403004, India) ,  Kuchi Nishanth (CSIR-National Institute of Oceanography, Dona Paula, Goa, 403004, India) ,  Kale Dipesh (CSIR-National Institute of Oceanography, Dona Paula, Goa, 403004, India) ,  Anil Arga Chandrashekar (CSIR-National Institute of Oceanography, Dona Paula, Goa, 403004, India)
資料名： Ecological Indicators  (Ecological Indicators)
巻： 74  ページ： 172-181  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1221A  ISSN： 1470-160X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物群集構造は,Ion Torrent PGMを用いて次にGen配列決定(NGS)法によりマンドビ-ズアリ(Ma Zu)河口堆積物熱帯モンスーン影響から解析した。配列決定により,80,282の生配列解読は発生した。イオンタグを用いたバーコード化は微生物群集の多重分析を可能にし,微生物群集構造のシフトの同定に役立った。配列データの解析から,Mandovi河口は両地点における堆積物は古細菌群,Euryarchaeota(53.1%と64.01%)によって支配されることを明らかにした。Euryarchaeotaの中で,Methanomicrobiaが支配的であった。Methanococci口でのみ存在し,Methanopyriは河口ステーションで検出された。が,Zuari河口の両駅は細菌,プロテオバクテリア,γプロテオバクテリアが支配的であった(97.67%と54.41%)。細菌多様性に及ぼすマングローブ生態系の明確な影響は,Zuari河口で明らかであった。これらの結果は,二河口は非常に異なる微生物群集構造を持っていることを示唆した。初めてNGSを用いてこの研究地域の微生物群集の特性化は,地理的に近い生息場所内でも,微生物群集構造は,局在化した相互作用に大きく影響されることを指摘した。堆積物から得られた特徴は,生息場所特性を再構築し,バイオマーカーとして使用できる。将来の研究は,異なる微生物群集の機能的遺伝子プロファイリングとそのようなモンスーンの影響を受ける河口における季節と潮汐の影響に焦点を当てるべきである。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： バイオマーカー ,  生態系 ,  マングローブ ,  遺伝子 ,  キャラクタリゼーション ,  相互作用 ,  細菌 ,  生息場所 ,  古細菌 ,  *河口 ,  再構成 ,  *熱帯
準シソーラス用語： プロテオバクテリア ,  *微生物コンソーシアム ,  *微生物群集構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： メタゲノミクス ,  次Genシークエンシング(NGS) ,  微生物多様性 ,  堆積物 ,  Mandovi-Zuari(Ma Zu)河口複合体 ,  Ion Torrent PGM

分類 (2件)： 下水,廃水の生物学的処理  (SC03060H) ,  微生物の生態  (EG03040J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 次世代シークエンシング ,  熱帯 ,  河口 ,  環境 ,  表層堆積物 ,  微生物群集構造