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J-GLOBAL ID：201802223876952388   整理番号：18A1005462

11110110111の最良のヒット:間隔のある種子のモデルフリー選択とパラメータフリー感度計算【JST・京大機械翻訳】

Best hits of 11110110111: model-free selection and parameter-free sensitivity calculation of spaced seeds

著者 (1件)： Noe Laurent (CRIStAL (UMR 9189 Lille University/CNRS)-Inria Lille, Bat M3 ext, Universite Lille 1, Villeneuve d’Ascq, France)
資料名： Algorithms for Molecular Biology (Web)  (Algorithms for Molecular Biology (Web))
巻： 12  号： 1  ページ： 1  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7358A  ISSN： 1748-7188  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:また,ギャップ付きq-gram,ギャップ付きk-mer,間隔q-gramと命名されたSpaced種子は,核酸およびアミノ酸配列分析における隣接種子(隣接q-gram,隣接k-mer)よりも高感度であることが証明されている。最初に,配列類似性を検出し,配列アラインメントをアンカーするために提案された,間隔のある種子は,最近,いくつかのアラインメントフリーの関連した方法に適用された。残念ながら,間隔のある種子を最初に設計する必要がある。このタスクは間隔のあるシード候補の数により時間がかかることが知られている。さらに,それは使用された確率的アラインメントモデルから任意の選択されたパラメータのセットによって変化させることができる。この一般的文脈において,Dominant種子は,感度のパラメータフリー計算においてさらに処理される間隔のある種子候補の数を低減するために,Bernoulliモデル上でMakとBenson(生物情報学25:302-308,2009)によって導入された。【結果】著者らは,ChungとPark(BMCバイオインフォーム11:31,2010)のHit統合モデルを考慮することによって,単一と複数の種子に関するMakとBensonの研究の範囲を拡大して,同じ優位性定義を適用することができて,パラメータのない研究が有意な付加的コストなしで実行することができることを実証した。また,2つの新しい離散モデル,すなわち,HeavisideとDiracモデルを考慮し,そこでは無損失シードを統合することができる。理論的観点から,著者らは,支配フィルタによって必要とされる大きな多項式係数を迅速に計算するために,計数半リングを適用することによって,すべての提案されたモデルに関する一般的フレームワークを確立した。実用的観点から,支配的な種子が単一種子のセットを減少させ,完全に分析するか,または複数の種子を貯蔵することを確認した。さらに,http://bioinfo.cristal.univl-lille.fr/YASS/edera_優性において,4つの上述のモデルで計算された間隔のある種子の完全リストを提供した。1つの(連続)パラメータは各モデルに対して自由で,いくつかの(離散的)アラインメント長を持つ。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 核酸 ,  フィルタ ,  *アラインメント ,  優性 ,  高感度 ,  多項式 ,  アミノ酸配列 ,  類似性
準シソーラス用語： 計数 ,  離散モデル ,  バイオインフォマティクス ,  配列アライメント , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： 間隔付き種子 ,  優性種子 ,  Bernoulli ,  ヒット統合 ,  heavi側 ,  Dirac ,  セミリングの計数 ,  多項式形式 ,  DFA

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (92件)：

• Bioinformatics; All hits all the time: parameter free calculation of seed sensitivity; DYF Mak, G Benson; 25; 3; 2009; 302-308; 10.1093/bioinformatics/btn643; CR1;
• BMC Bioinform; Hit integration for identifying optimal spaced seeds; WH Chung, SB Park; 11; 1; 2010; S37; 10.1186/1471-2105-11-S1-S37; CR2;
• Bioinformatics; PatternHunter: faster and more sensitive homology search; B Ma, J Tromp, M Li; 18; 3; 2002; 440-445; 10.1093/bioinformatics/18.3.440; CR3;
• Fund Inform; Better filtering with gapped$$q$$q-grams; S Burkhardt, J Kärkkäinen; 56; 1--2; 2002; 51-70; CR4;
• J Comput Syst Sci; Vector seeds: an extension to spaced seeds; B Brejová, DG Brown, T Vinař; 70; 3; 2005; 364-380; 10.1016/j.jcss.2004.12.008; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： 種子 ,  モデル ,  パラメータ ,  感度 ,  計算