Azospirillum spp.の分子的同定:遺伝的マーカーとしてのrpoDの16S rRNAと品質の限界【Powered by NICT】

Maroniche Guillermo A.; Maroniche Guillermo A.; Garcia Julia E.; Salcedo Florencia; Salcedo Florencia; Creus Cecilia M.

文献

J-GLOBAL ID：201802224081134266 整理番号：18A0391917

Azospirillum spp.の分子的同定:遺伝的マーカーとしてのrpoDの16S rRNAと品質の限界【Powered by NICT】

Molecular identification of Azospirillum spp.: Limitations of 16S rRNA and qualities of rpoD as genetic markers

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資料名：
巻： 195 ページ： 1-10 発行年： 2017年
JST資料番号： A1209A ISSN： 0944-5013 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

発見以来,Azospirillum属からの促進根圏細菌植物成長は作物接種剤としてそれらの生物工学的可能性のために,集中的な研究を行った。Azospirillum spp.の系統発生解析は,16S rRNA配列決定ほぼ例外なくにより行われているが,近縁種で作業するとき不一致と低信頼はしばしば生じる。本研究では,これらの困難はAzospirillumゲノム内のかなりの遺伝子間変動を持つrRNAオペロンの高い数によって説明されるかもしれないことが観察された。ハウスキーピング遺伝子のリストから代替遺伝的マーカーを探索するために,ペアワイズ遺伝子と全ゲノム類似性との相関を調べた。その良好な性能のために,rpoDを更なる分析のために選択した。Azospirillum spp.からのrpoDのPCR増幅と配列決定のための属特異的プライマーは,異なる種の16タイプの菌株に対して設計し,試験した。得られた配列は属の系統樹,アルゼンチンの多くの異なる位置から単離した31種のAzospirillumの収集を成功裡に同定するための参照として用いたを推定のために使用した。添加では,新しい種であることをいくつかの株が検出された。結果は,rpoDの配列決定はAzospirillum spp.における確信分子同定のための適切な代替法であることを示した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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微生物検査法

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