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J-GLOBAL ID：201802224393079610   整理番号：18A0790952

全ゲノム配列と系統学的解析は,ラテンアメリカからのHelicobacter pylori株を示し,ユニークな進化経路を持つ【JST・京大機械翻訳】

Whole Genome Sequence and Phylogenetic Analysis Show Helicobacter pylori Strains from Latin America Have Followed a Unique Evolution Pathway

著者 (11件)： Munoz-Ramirez Zilia Y. (Laboratorio de Biotecnologia y Bioinformatica Genomica, ENCB, Instituto Politecnico Nacional) ,  Mendez-Tenorio Alfonso (Laboratorio de Biotecnologia y Bioinformatica Genomica, ENCB, Instituto Politecnico Nacional) ,  Kato Ikuko (Department of Oncology and of Pathology, Wayne State University School of Medicine) ,  Bravo Maria M. (Grupo de Investigacion en Biologia del Cancer, Instituto Nacional de Cancerologia) ,  Rizzato Cosmeri (Dipartmento di Ricerca Traslazionale e Nuove Tecnologie in Medicina e Chirurgia, Universita di Pisa) ,  Thorell Kaisa (Department of Microbiology, Tumor and Cell Biology, Karolinska Institutet) ,  Torres Roberto (Laboratorio de Biotecnologia y Bioinformatica Genomica, ENCB, Instituto Politecnico Nacional) ,  Aviles-Jimenez Francisco (Unidad de Investigacion en Enfermedades Infecciosas, IMSS) ,  Camorlinga Margarita (Unidad de Investigacion en Enfermedades Infecciosas, IMSS) ,  Canzian Federico (Genomic Epidemiology Group, German Cancer Research Center (DKFZ)) ,  Torres Javier (Unidad de Investigacion en Enfermedades Infecciosas, IMSS)
資料名： Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web)  (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web))
巻： 7  ページ： 50  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7063A  ISSN： 2235-2988  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Helicobacter pylori(HP)遺伝学は,その臨床転帰を決定する可能性がある。ラテンアメリカ(LA)におけるHP感染の高い罹患率にもかかわらず,地域における系統発生研究はなかった。著者らは,胃癌発生率が高いままであるLA mestizo個体におけるHP集団の構造を理解することを目的とした。メキシコ,ニカラグアおよびコロンビアからの107HP株のゲノムを,59の公的に利用可能な世界的ゲノムで分析した。全ゲノムレベルにおける細菌の関係を研究するために,著者らは,フィンガープリントを生成するために数千の高エントロピー13bp DNAプローブを用いた仮想ハイブリダイゼーション技術を提案した。系統発生的仮想ゲノムフィンガープリント(VGF)を,マルチ位置配列分析(MLST)およびcagPAI病原性島配列の系統発生分析と比較した。MLSTにより,いくつかのNicaraguanとメキシコ株はアフリカ分離株に近くクラスター化したが,ヨーロッパ分離株はクラスタ化なしに広がり,LA分離株と混在した。VGF分析は,LA株からヨーロッパを分離する個体群の分解能の増加をもたらした。さらに,コロンビア,メキシコ,またはNicaraguan株のクラスタはヨーロッパ,アジア,アフリカから分離されたが,Nicaraguanとメキシコのクレードはアフリカに近いグループに分類された。加えて,メキシコ,コロンビア,Nicaraguan,Peruvian,およびSalvadorian株を含む混合大型LAクラスタを観察した。すべてのLAクラスタは,アメリカのクレードから分離した。cagPAI配列分析により,LAクレードはヨーロッパ,アジア及びアメリカから明確に分離され,コロンビア株は単一クラスタを形成した。NeighborNet分析は,特にLA株の間で頻繁で最近の再結合イベントを示唆した。結果は,新しい世界において,H.pyloriが,スペインのコロニー形成の後,既に500年にわたって,メスチオLA個体群に適合するように進化したことを示唆する。この共適応は胃癌リスクの地域的変動を説明する可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ化 ,  個体群 ,  遺伝学 ,  *Helicobacter pylori ,  コロンビア共和国 ,  アフリカ ,  *アメリカ合衆国 ,  クラスタ ,  *ゲノム ,  メキシコ合衆国 ,  DNA【核酸】 ,  系統発生 ,  感染
準シソーラス用語： クレード ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Helicobacter pylori ,  系統発生解析 ,  全ゲノム配列 ,  ラテンアメリカ

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  エネルギー政策・エネルギー制度  (LA01040K)

タイトルに関連する用語 (8件)： ゲノム配列 ,  系統学 ,  解析 ,  ラテンアメリカ ,  Helicobacter ,  株 ,  進化 ,  経路