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J-GLOBAL ID：201802224417165051   整理番号：18A0243388

遺伝子調節ネットワーク推論のための実験的設計のトレードオフ:酵母Saccharomyces cerevisiaeの細胞周期のin silico研究【Powered by NICT】

Experimental design trade-offs for gene regulatory network inference: An in silico study of the yeast Saccharomyces cerevisiae cell cycle

著者 (4件)： Markdahl Johan (Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (lcsb), University of Luxembourg) ,  Colombo Nicolo (Department of Statistical Science, University College London (ucl)) ,  Thunberg Johan (Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (lcsb), University of Luxembourg) ,  Goncalves Jorge (Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (lcsb), University of Luxembourg)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： CDC  ページ： 423-428  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子調節ネットワーク(GRN)推論のための意図したハイスループット遺伝子配列データの時系列は,サンプリング電池システムの高コストのために,しばしば短い。さらに,実験者は,信頼性のあるGRNモデルを推定するために必要なサンプルの最小数を規定する定量的ガイドラインのセットを欠いている。最終的にこの欠陥を克服するために著者らは,GRN推論のデータ対品質の時間分解能を研究した。Saccharomyces cerevisiae細胞周期のG_x相中の蛋白質と代謝産物のRas/cAMP/PKA経路のためのMarkovジャンプ過程モデルの進化は多数の異なる速度でサンプリングした。各時系列に対して,LASSO法を用いてGRNの線形回帰モデルを推定した。推論されたネットワークトポロジーは再現率曲線(AUPR)の下の面積で評価した。試料の数に対するAUPRをプロットすることにより,トレードオフは大雑把にはS状形状を持つことを示した。最適数試料のS状のリッジ上の値に対応している。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： ジャンプ過程 ,  *細胞周期 ,  電池 ,  品質 ,  時間分解能 ,  信頼性 ,  Rasタンパク質 ,  *酵母 ,  代謝産物 ,  ネットワーク構造
準シソーラス用語： 再現率 ,  ネットワークトポロジー ,  線形回帰モデル ,  遺伝子配列 ,  ハイスループット ,  *遺伝子調節ネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  代謝と栄養  (EG03054K) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (9件)： 遺伝子調節ネットワーク ,  推論 ,  実験 ,  設計 ,  トレードオフ ,  酵母 ,  Saccharomyces ,  細胞周期 ,  研究