文献

J-GLOBAL ID：201802225588886342   整理番号：18A0806722

標的化および非標的化データ収集の組合せによる定量的植物プロテオミクスの改良【JST・京大機械翻訳】

Improved Quantitative Plant Proteomics via the Combination of Targeted and Untargeted Data Acquisition

著者 (6件)： Hart-Smith Gene (NSW Systems Biology Initiative, School of Biotechnology and Biomolecular Sciences, University of New South Wales) ,  Reis Rodrigo S. (School of Biological Sciences, University of Sydney) ,  Reis Rodrigo S. (Department of Plant Molecular Biology, University of Lausanne) ,  Waterhouse Peter M. (School of Biological Sciences, University of Sydney) ,  Waterhouse Peter M. (Centre for Tropical Crops and Biocommodities, Queensland University of Technology) ,  Wilkins Marc R. (NSW Systems Biology Initiative, School of Biotechnology and Biomolecular Sciences, University of New South Wales)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 8  ページ： 1669  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 植物分子系生物学の拡大分野において重要な役割を果たしている定量的なプロテオミクス戦略は,仮説駆動または非仮説駆動のいずれかとして,さらに指定されている。これらの戦略の多くは,タンデム質量分析(MS/MS)のための個々のペプチドイオンを選択することを目的とし,この混合仮説駆動および非仮説駆動アプローチを実行するために理論的に単純である。しかし,そのようなアプローチの有効性への徹底的な研究はまだ記述されていない。本研究において,非標識及び代謝的に15N標識Arabidopsis thaliana蛋白質の組み合わせ試料を用いて,標的データ取得(TDA)及びデータ依存取得(DDA)の混合利用を研究し,個々のLC-MS/MS実験における仮説駆動及び非仮説駆動定量データ収集の両方を容易にした。仮説駆動データ収集のためのTDA/DDAを調べるために,異なるサイズと豊度の7miRNA標的蛋白質を,3つの異なるTDA/DDA実験計画を用いて,1558m/z値から成る包接リストを用いて標的化した。標的ペプチドイオンが特に低存在量(すなわち質量分析器検出限界以上)の試料において,TDA/DDAはDDAのみの使用に比べて実験当たり,同定された標的ペプチド数の統計的に有意な増加を示した(DDAに対して230±8対80±3,DDAに対して35±3対21±2;p=0.038)。仮説駆動データ収集におけるこれらの期待される改善は,非仮説駆動データ収集における予想外の改善に沿って観察された。介在物リストにおけるそれらと一致するm/z値を有する非標的ペプチドイオンを繰り返し同定し,技術的複製TDA/DDA実験を通して定量化し,DDA実験のみに比較してTDA/DDA実験において反復的に定量化した蛋白質の割合が有意に増加した(それぞれ33.0±2.6%対8.0±2.7%;p=0.011)。これらの結果は,DDA実験と比較して,TDA/DDA実験における非損傷の広いMS/MSデータ収集と共に観察された。著者らの観察を用いて,定量的植物プロテオミクス研究のためのTDA/DDA法設計のガイドラインを提供し,TDA/DDAが広く利用されているプロテオミクスデータ獲得戦略であることを示唆した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 実験計画法 ,  タンデム質量分析 ,  ペプチド ,  質量分析計 ,  検出限界 ,  代謝 ,  *データ収集 ,  *プロテオミクス ,  タンパク質 ,  *ターゲティング ,  Arabidopsis thaliana ,  Arabidopsis
準シソーラス用語： LC/MS/MS ,  *植物プロテオミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 定量的植物プロテオミクス ,  標的化データ収集(TDA) ,  データ依存取得(DDA) ,  代謝15N標識 ,  液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析(LC-MS/MS) ,  Arabidopsis thaliana

分類 (2件)： 質量分析  (CC03013N) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 標的化 ,  データ収集 ,  組合せ ,  定量 ,  植物プロテオミクス