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J-GLOBAL ID：201802225738301447   整理番号：18A0806749

Chenopodium quinoaとC.albumの完全葉緑体ゲノム配列と比較分析【JST・京大機械翻訳】

Complete Chloroplast Genome Sequences and Comparative Analysis of Chenopodium quinoa and C. album

著者 (10件)： Hong Su-Young (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration) ,  Cheon Kyeong-Sik (Department of Biological Sciences, Kangwon National University) ,  Yoo Ki-Oug (Department of Biological Sciences, Kangwon National University) ,  Lee Hyun-Oh (Phygen Genomics Institute) ,  Cho Kwang-Soo (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration) ,  Suh Jong-Taek (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration) ,  Kim Su-Jeong (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration) ,  Nam Jeong-Hwan (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration) ,  Sohn Hwang-Bae (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration) ,  Kim Yul-Ho (Highland Agriculture Research Institute (HARI), National Institute of Crop Science, Rural Development Administration)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 8  ページ： 1696  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Chenopodium属は,高い栄養価を持つ2つの重要な作物であるChenopodium quinaとChenopodium albumを含む~150種から成る。2種間の系統発生関係を解明するために,これらの種の完全葉緑体(cp)ゲノムを次世代配列決定により得た。配列の比較分析を行い,InDelマーカーを用いて,Chenopodium属の系統発生と遺伝的多様性を推定した。cpゲノムは152,099bp(C.quinoa)と152,167bp(C.album)長であった。全部で,119の遺伝子(78の蛋白質コード化,37のtRNA,および4つのrRNA)が同定された。14(C.quinoa)と15(C.album)縦列反復(TRs)を見出した。14のTRsは両種に存在し,C.albumとC.quinaはそれぞれ1種の種特異的TRを有していた。trnI-GAUイントロン配列は,TRs(66bp)の1つ(C.quinoa)または2つの(C.album)コピーを含んでいた。InDelマーカーは,TRsにおけるコピー数変化に基づいて設計された。InDelマーカーを用いて,4種,Chenopodium hybridum,Chenopodium pumilio,Chenopodium ficifolium,Chenopodium koraienseにおけるTRコピー数の変異を検出したが,Chenopodium glaucumでは検出しなかった。C.quinoaとC.albumの間のコード化および非コード化領域の比較は,分岐部位を明らかにした。ヌクレオチド多様性>0.025は17の地域-14において見出され,大きな単一コピー領域(LSC),逆反復における1つ,小さな単一コピー領域(SSC)において2つに位置した。25の分類群からの59の蛋白質コード化遺伝子に基づく系統発生分析は,Chenopodoideae monophyleticと姉妹からBethoideaeを分離した。2つのChenopodium分類群における発散ホットスポット領域に基づく完全な色素体ゲノム配列と分子マーカーは,Chenopodiumの系統発生的関係を解決するのに役立つであろう。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 農作物 ,  *アカザ属 ,  タンパク質 ,  系統樹 ,  rRNA ,  符号化 ,  tRNA ,  イントロン ,  コピー数 ,  栄養価 ,  *葉緑体 ,  *ゲノム ,  系統発生
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  系統解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Chenopodium dioideae ,  葉緑体ゲノム ,  系統樹 ,  INDEL ,  タンデム反復

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  飼料作物,草地  (FC03050J) ,  植物分類学  (EH01030N)

タイトルに関連する用語 (3件)： Chenopodium ,  葉緑体ゲノム ,  比較分析